疑點分為三類:警示類、錯誤類、調查評估類。
警示疑點:根據判斷可以選擇的疑點，如發票名稱、單位等，與報關單顯示的不同；發票、報關單等信息傳輸導致部分數據丟失等。或者該業務存在退稅或不退稅，需要進壹步判斷是否符合退稅或提示稅務機關進壹步加強審核等原因。
遇到此類疑問時，並不總是直接選擇，而是需要出口企業根據自身的經營情況和單證判斷是否符合退稅要求。如果符合要求，則直接忽略疑點的正常申報，然後向稅務機關提供相應的證明材料予以證明。如果報關的單位是kg，進貨發票是kg，可以提供發票的照片或者掃描件給稅務局審核。或者稅務機關直接檢查數據是否與相應系統相符。
錯疑:這種疑是不能跳過的，壹般是發票、報關單等信息引起的；還是企業輸入錯誤造成的；以及其他原因。
當遇到此類疑點時，出口企業應根據具體疑點做出判斷。如果是輸入錯誤導致的，修改後會重新生成申報數據並申報。如果是因為信息不齊，會先把申報采集的數據去掉。不符合退稅原因的，不允許該業務申報退稅。
轉疑點調查評估:此類疑點對出口企業來說是看不到的，只在稅務機關的審核系統中提示。
如果遇到這類疑點，稅務機關會進行分流，對沒有疑點的退稅，對需要移送調查評估的，進行分流，做進壹步調查，比如要求企業提供相應資料或者實地核查，沒有問題再退稅。