按照陸路運輸服務繳納增值稅。
陸路運輸服務、是指通過陸路(地上或者地下) 運送貨物或者旅客的運輸業務活動，包括鐵路運輸和其他陸路運輸(公路運輸纜車運輸、索道運輸、地鐵運輸、城市輕軌運輸等)。
出租車公司向使用本公司自有出租車的出租車司機收取的管理費用，按陸路運輸服務征收增值稅。
出租車公司從事的是道路運輸業務。在非“營改增”試點地區，道路運輸業務屬於營業稅的征稅範圍。
營業稅暫行條例實施細則第十條規定：
除本細則第十壹條和第十二條的規定外，負有營業稅納稅義務的單位為發生應稅行為並收取貨幣、貨物或者其他經濟利益的單位，但不包括單位依法不需要辦理稅務登記的內設機構。
第十壹條規定，單位以承包、承租、掛靠方式經營的，承包人、承租人、掛靠人（以下統稱承包人）發生應稅行為，承包人以發包人、出租人、被掛靠人（以下統稱發包人）名義對外經營並由發包人承擔相關法律責任的，以發包人為納稅人；否則以承包人為納稅人。
由此可見，不論是出租車產權歸屬於出租車公司，出租車司機采取承包方式經營，或是出租車產權歸屬於出租車司機，采取掛靠方式經營，只要是以出租車公司名義對外經營並由出租車公司承擔相關法律責任的，均以出租車公司作為營業稅的納稅人。
擴展內容：
根據《國家稅務總局關於印發〈營業稅稅目註釋〉（實行稿）的通知》（國稅發〔1993〕149號）的規定：“服務業，是指利用設備、工具、場所、信息或技能為社會提供服務的業務。”
出租車公司收取的管理費可以視為是其提供服務收取的價款，因此應按“服務業”5%的稅目稅率繳納營業稅。
舉例來說，某出租車公司位於非“營改增”試點地區，每月固定向出租車司機收取管理費50萬元，那麽應繳納的營業稅為50×5%＝2.5（萬元）。
中華人民***和國農業農村部-中華人民***和國營業稅暫行條例實施細