1、含義上的區別
“待抵扣進項稅額”明細科目，核算壹般納稅人已取得增值稅扣稅憑證並經稅務機關認證，按照現行增值稅制度規定準予以後期間從銷項稅額中抵扣的進項稅額。
“待認證進項稅額”為應交稅費二級科目，核算壹般納稅人由於未經稅務機關認證而不得從當期銷項稅額中抵扣的進項稅額。
2、內容上的區別
“待抵扣進項稅額”的具體內容有：核算輔導期壹般納稅人取得尚未進行交叉稽核比對的已認證專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書以及運輸費用結算單據（以下簡稱增值稅抵扣憑證）註明或者計算的進項稅額。
“待認證進項稅額”的具體內容有：壹般納稅人購進貨物、加工修理修配勞務、服務、無形資產或不動產，用於簡易計稅方法計稅項目、免征增值稅項目、集體福利或個人消費等，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣的。
3、會計分錄的區別
“待抵扣進項稅額”借記“應交稅費—待抵扣進項稅額”明細科目，貸記相關科目。交叉稽核比對無誤後，借記“應交稅費—應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費—待抵扣進項稅額”科目。經核實不得抵扣的進項稅額，紅字借記“應交稅費—待抵扣進項稅額”。
“待認證進項稅額”借記“應交稅費—待認證進項稅額”科目，貸記“銀行存款”等科目，經稅務機關認證後，先轉入“進項稅額”專欄，借記“應交稅費—應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅費—待認證進項稅額”科目。
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