2003年6月27日，國務院發出了《關於深化農村信用社改革試點方案的通知》（國發〔2003〕15號），提出了“明晰產權關系、強化約束機制、增強服務功能、國家適當支持、地方政府負責”的總體改革要求，吉林、山東、江西、浙江、江蘇、陜西、貴州、重慶8省（市）被確定為第壹批試點單位，深化農村信用社改革拉開的新的序幕。
為落實管理責任，加強農村信用社行業管理工作，根據國務院的有關要求，在原浙江省信用合作協會的基礎上，在浙江省政府的領導下於2004年4月18日，成立了省農村信用社聯合社。省農信聯社作為省級管理機構，具體承擔對全省農村信用社的“管理、指導、協調、服務”職能。省聯社的成立標誌著全省農村信用社跨進了新的歷史發展時期。產權制度改革是這次農村信用社改革的重點。經省委、省政府研究，這次產權制度改革，全省農村信用社實行統壹的股份合作制的產權制度，設立資格股和投資股；組織形式選擇農村合作銀行、縣級聯社統壹法人、暫時保留二級法人的聯社等三種形式。
在浙江省深化農村信用社改革領導小組的領導下，在慈溪市人民政府、市人民銀行和銀監部門的指導、幫助下，慈溪市信用聯社在2004年1月份起全面啟動了農村信用社改革工作。根據《浙江省深化農村信用社改革試點實施方案》（浙委辦〔2004〕5號）的有關精神，經市長辦公會議研究決定，我市於2月份成立由市政府主要領導任組長，分管領導為副組長，財政、國稅、審計、工商、體改委、人民銀行、銀監辦、信用聯社為成員的慈溪市深化農村信用社改革領導小組，並下設了由市政府辦公室分管付主任為主任的辦公室，信用聯社內部成立了體制改革工作小組。我市結合區域經濟發達、金融市場繁榮、信用社規模較大和實力較強的實際，確定在慈溪市農村信用社的基礎上，按股份合作制的組織形式，組建慈溪農村合作銀行。把全市23個獨立核算的法人機構合並為壹個法人單位，建立法人治理結構，實行集中經營統壹核算，整體運作。同時明確產權制度，在合作制的基礎上，引入股份制的機制，使農村信用社產權關系得到明確，監督約束機制得到強化。
2005年我市農村信用社進入產權制度改革實質性階段，順利完成了清產核資、清理老股金、增資擴股工作等工作，在全市範圍內招募了4791戶農戶和農村個體工商戶、1305戶信用社職工和151戶企業法人及其他經濟組織作為發起人，***同發起設立慈溪農村合作銀行。6247個發起人***認購40258.4萬元股份。11月26日，召開了慈溪農村合作銀行創立大會暨首屆股東代表大會第壹次會議，首屆董事會第壹次會議，首屆監事會第壹次會議。經過籌建、開業申請等壹系列準備工作，12月20日中國銀監會批準寧波慈溪農村合作銀行開業，12月28日，慈溪農村合作銀行舉行隆重的開業慶典儀式，這壹天，慈溪農村合作銀行正式開業，從此，慈溪合作金融事業翻開了新的歷史篇章。