壹、完善以內控管理為目標的制度建設
根據企業內部控制原則，要求規範制度管理和流程再造。國家對增值稅發票的管理有嚴格的制度，在發票的開具上有壹整套完善的稅控開票系統，這是外部環境。因此，對於現代企業而言，應基於內控管理為目標，不斷地完善制度建設，夯實良好的內外環境。壹方面，新的稅制制度，強調現代企業要適應新的制度要求，強化增值稅管理；另壹方面，要重視制度建設，依托制度強化內控管理。
從內部環境來說每個企業都需要有壹整套，針對增值稅發票開具的內部管理制度。首先，企業組織人員進行“營改增”的內部培訓，修訂完善業務管理流程，編制稅收管理指引，增設增值稅管理崗位和人員，及時接受稅務機關的指導。其次，規範增值稅發票的取得、保管、開具、存檔、繳銷管理；明確涉稅事項的計算、申報、認證、抵扣、和申報等工作，確保增值稅發票合規合法。
二、合理運用稅收政策，加強票據的內部控制環節
國家將征收營業稅的企業改為征收增值稅，這是國家給企業的優惠政策，如何運用好這個政策也是需要我們思考的問題。企業“營改增”後，壹般納稅人依據當期銷項稅減當期進項稅後，有余額則需繳納增值稅，因而銷項稅發票的開具和進項稅發票的取得就成為重要的控制環節了。也就是說，合理運用稅收政策，是加強票據內控管理的重要途徑，更是企業適應營改增改革的有力保障。
因此，企業能否夠取得進項稅發票對企業稅負影響是很大的，這樣就要求企業在材料采購、對外服務時，要選擇能夠開具增值稅專用發票的公司，同時還要註意進項稅發票取得時的時間，避免出現集中抵扣或無抵扣的現象。
企業要根據內部控制制度的要求，在增值稅發票開具上制定了嚴格開票機制，設計出符合本單位內容流程申請表，明確開票手續。特別是要加強增值稅發票的退換管理。增值稅發票是由稅務機關提供的防偽稅控系統開具的，因此，退換增值稅發票的手續十分繁瑣，所以要建立起嚴格的內控管理制度，對已開出的增值稅發票無正當理由、手續不齊全、超過180天的不得退換、特別強調未經稅務部門批準不得重新開具增值稅發票。這樣才能從制度上規範增值稅發票的管理，從而降低稅務風險。
三、根據內控要求建立健全稅務管理系統，優化業務流程
企業要建立增值稅票據管理系統，以信息化為手段，按內部控制的要求，優化業務流程，將增值稅發票的管理，合同收入的確認，銷項稅額的計算結合起來，把進項稅發票的認證、抵扣、應納稅額的計算及涉稅的支出結合起來，實現票據、采購、核算、納稅的信息化管理與服務，提高財務核算的準確性，減少稅務風險。建立增值稅信息管理系統，實時控制增值稅業務流程，實現財務、稅務、業務的協同管理，進而實現更加科學有效的增值稅管理。
四、以“營改增”為契機，進壹步完善稅收籌劃
企業稅負的減輕，從不同程度上增強了企業可持續發展的能力，推動了技術的創新，從長遠的角度看，“營改增”關系到企業的戰略決策，為企業的發展奠定基礎。
“營改增”具有很強的導向性，應當合理地利用相關政策，結合銷項稅、進項稅、抵扣時間等實際情況，制訂出最優稅收籌方案，從而達到進壹步減輕稅負的目的。
如高校或科研院所可以按照科研項目進行值增稅的管理，因為科研項目在立項時就已經確認是否需要開具增值稅發票，是否可以抵扣，因此，在建立科研項目時就將能否抵稅的標識嵌入到科研項目名稱中，這樣使得項目管理人員可以根據科研項目信息來判斷是否是抵稅，從而為以後的財務核算和稅收籌劃奠定基礎，做到科研項目納稅與抵扣相匹配，降低企業稅負，提高資金的利用率。
對企業來說增值稅發票管理要形成真正的壹套有力的內部控制體系，實現全方位的控制，同時，風險管控的手段要與時俱進，要關註到發票控制的每壹個關鍵節點，切實做到全過程控制，即內部控制的原則要貫穿於內部控制的始終，這樣才能取得理想的效果。風險管控應確保全面性、有效性，為增值發票管理創造良好的內部環境，並且科學規避風險，提高生產經營的穩定性。
總而言之，基於內部控制角度，談增值稅管理，強調管理內控機制的建立，強化對營改增稅制改革的適應。從建立健全稅務管理系統入手，從完善稅收籌劃出發，搭建更加良好的管理環境，建立更加完善的內控制度，確保科學有效的增值稅管理。