金稅工程中的重要環節為增值稅防偽稅控系統，金稅三期工程在廣東、山東、河南、山西、內蒙古、重慶6個省（市）級國地稅局先行試點，然後在全國推廣。金稅三期工程屬國家級信息系統工程，是國家電子政務建設的重要組成部分。
擴展資料：
金三系統，即金稅三期系統，是壹個整合征管信息系統。在金三系統中完成了實名制認證的企
業辦稅人員或財務負責人，輸入本人身份證號碼後，用支付寶或微信掃碼認證，認證通過後，
電子稅務局就會彈出實名人員所關聯的所有企業信息。
如果實名人員關聯了多家企業，則電子稅務局頁面會提示用戶選擇進入系統；如果實名人員只
關聯了壹家企業，則直接進入系統。業務辦理完成後，辦稅人員還可以在“我的信息”模塊中
進行關聯企業切換，不需要重新登錄電子稅務局。
自然人則不需要事先做實名制認證，只需要在金三系統中做自然人登記即可，輸入本人身份證
號碼（辦理社保費業務還需要輸入姓名），即可完成刷臉認證登錄。
金三系統是在中國電子政務的原則和目標指導下，建立的中國稅收管理信息系統，為了保持與
稅收信息化總體目標和原有金稅二期工程和其他稅收信息化建設的銜接，將金稅三期工程命名
為金稅三期系統。
企業或自然人可以登錄國家稅務總局的官方網站，下載金三系統操作附件。
金三稅務扣稅指的是納稅人通過金三系統進行稅費扣除的行為。
稅費扣除的方法包括：
1、網上扣稅：通過登錄當地“電子稅務局”網站，選擇“我要辦稅”欄目中的“稅費申報及繳納”功能，進入“清繳稅款”功能模塊，然後選擇相關稅目以及對應的繳費方式完成稅費繳納。
2、現場扣稅：通過預約當地稅務局，攜帶規定的資料、稅費申報表、企業公章等工具於現場進行相關稅目的申報以及現場金三稅務扣稅的工作。若企業需要進行非公戶扣費的方式，則需要帶上對應的銀行卡進行現場的劃扣操作。