代扣代繳手續費是公司在代替稅務局扣繳個人所得稅時，向稅務局申請的壹種報酬。《中華人民***和國個人所得稅法》規定，支付所得的單位或個人，即扣繳義務人，負責代扣代繳稅款，並可從稅務機關獲得相當於代扣稅額2%的手續費。這項費用用於補償公司在執行代為稅務局工作時的額外負擔。
代扣代繳的稅務處理：
1、定義：代扣代繳是指企業或個人在向個人支付收入時，按照國家規定的稅率代為扣除相應的稅款，並代為繳納給稅務機關；
2、適用對象：適用於雇主向雇員支付工資、薪金等個人所得時，以及支付給個體工商戶、自由職業者等個人獨立勞務報酬時；
3、稅種：涉及個人所得稅、增值稅等多種稅種，具體稅種取決於支付收入的性質；
4、計算方法：根據不同的收入類型和適用稅率，計算應代扣的稅額；
5、繳納流程：代扣單位需在規定的時間內將代扣的稅款繳納給稅務機關，並進行相應的稅務申報。
綜上所述，代扣代繳手續費是指公司在履行代替稅務局扣繳個人所得稅的職責時，根據《中華人民***和國個人所得稅法》的規定，可以從稅務機關獲取的相當於代扣稅額2%的報酬，以補償其在執行此項工作時產生的額外負擔。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第九條
個人所得稅，以所得人為納稅義務人，以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
第十七條
對扣繳義務人按照所扣繳的稅款，付給百分之二的手續費。