企業留抵的待抵扣進項稅額應該全部結轉至待抵扣科目，留存到後期進行抵扣，同時在申報表進行相應的填報，具體處理方法請見下文內容。
1、首先，在賬務處理上，將留抵的進項稅額全部結轉至待抵扣進項稅額科目，記賬方法如下。
2、期末填寫增值稅申報表附表二，將留抵的待抵扣進項稅額填入表中並提交申報。
3、後期如需抵扣進項稅，在抵扣當期將抵扣額從待抵扣進項稅額科目轉入進項稅科目，記賬方法如下。
待抵扣進項稅是輔導期壹般納稅人在應交稅金科目下增設的待抵扣進項稅額的明細科目，該明細科目用於核算輔導期壹般納稅人取得尚未進行交叉稽核比對的已認證專用發票抵扣聯、海關進口增值稅專用繳款書以及運輸費用結算單據（以下簡稱增值稅抵扣憑證）註明或者計算的進項稅額；
營改增後不得抵扣進項稅額的的情形如下：
1、納稅人取得虛開的增值稅專用發票，不得作為增值稅合法有效的扣稅憑證抵扣其進項稅額；
2、對於那些年銷售額低於500萬的小規模試點企業，增值稅的征收率為3%，不得抵扣進項稅額；
3、購進的貨物直接用於非應稅、免稅、集體福利和個人消費的，則沒有進項稅額；
4、購進的貨物已經作了進項稅額，後來又改變用途，用於非應稅、免稅、集體福利和個人消費等，則作為進項稅額轉出；
5、發生非正常損失的在產品、產成品，不能實現銷售，不會產生銷項稅額，所以所耗用的購進貨物已作為進項稅額抵扣的增值稅必須作為進項稅額轉出；
6、納稅人提供應稅服務，開具增值稅專用發票後，提供應稅服務中止、折讓、開票有誤等情形，應當按照國家稅務總局的規定開具紅字增值稅專用發票。未按照規定開具紅字增值稅專用發票的，不得扣減銷項稅額或者銷售額；
7、增值稅扣稅憑證不符合法律法規，其進項稅額不得抵扣。納稅人取得的增值稅扣稅憑證不符合法律、行政法規或者國家稅務總局有關規定的，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》 第六條 應納稅所得額的計算：
（壹）居民個人的綜合所得，以每壹納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除後的余額，為應納稅所得額。
（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元後的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。
（三）經營所得，以每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，為應納稅所得額。
（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。
（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用後的余額，為應納稅所得額。
（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。
勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用後的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。
個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。
本條第壹款第壹項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的範圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體範圍、標準和實施步驟由國務院確定，並報全國人民代表大會常務委員會備案。