抗日戰爭時期，軍統局如日中天。這壹時期，軍統局多次暗殺張曉麟、汪精衛等日偽軍政人員，對打擊日軍和漢奸起到了震懾作用。1946 3月17日，戴笠乘坐的飛機在從北平回上海的途中發生故障，在南京附近墜毀，不幸遇難。
戴笠去世後不久，軍統局核心單位和人員縮編為國防部保密局，由軍統局首席秘書毛仁鳳任局長(1948前由鄭介民代理局長，毛仁鳳主持工作為副局長)，繼承原軍統局衣缽。其他人員和部分事業單位並入國防部二廳和內務部警察總局，由原軍統局副軍官鄭介民和唐宗分別擔任局長和主任。
國防部副部長兼二館館長鄭介民。
內政部副部長兼警察局局長唐宗
戴笠死後，軍統局縮編改組，原因如下:
第壹，規模龐大，無法維持。
到抗戰結束時，童軍已發展成為壹個規模宏大、組織嚴密的特務機構，下設八個內設機構、十個辦公室和壹個設計委員會。下轄中英特種技術合作處、中蘇特種技術合作處、中美特種技術合作處、軍委水陸交通統壹檢查處、軍委航空郵電檢查處、軍委主席值班室第六組、軍委主席值班室特別警衛組、軍區司令部二廳、內政部警察署、財政部緝私署、財政部戰時貨物運輸管理局、 財政部直稅局，外交部護照科，陸軍總司令部調查處，航空委員會政治部調查處，軍需總局安檢處，重慶警備總司令部檢查處等十幾個公家機關，以及忠義救世軍和遊騎兵兩個軍，軍統局在全國設立了幾十個辦事處。 此時，軍隊特務機關人員(不包括武裝特務部隊)約有5萬人，其中軍統局直接發工資的有2.5萬多人，其余分散在各公共單位。
毛仁鳳，國防部保密局局長
戴笠在世時，以家長式的方式管理童軍分社。由於戴的威望和資歷，他在內部說壹不二。戴笠還動用各種資源安排軍事人員，讓他們也有好的出路。戴笠死前還積極爭取海軍總司令、國民警察總監等職，以安置各級軍事人員。
戴笠死後，面對如此龐大的機構和人員，原本可能在軍制上取得成功的鄭介民、毛仁鳳、唐宗等都無力繼續維持，最後不得不減員重組。
第二，1946政治協商會議後，中國和各民主黨派強烈要求國民黨政府取消特務統治，解散特務機構。在這些壓力下，蔣介石改組了軍事局和中央局。
第三，戴笠在世的時候，受到蔣介石的寵信，所以在處理某些事情上盛氣淩人，得罪了國民黨內的壹些高官，比如陳誠、何。他們要求改組軍統局，限制軍統局的權力，這也是軍統局改組的重要原因。