1.個人所得稅申報的應納稅所得額有誤或遺漏。
發現過去申報數據有誤，部分員工未申報，需要更正申報。納稅人、扣繳義務人辦理納稅申報後，發現申報有錯誤，並完成修改更正。更正申報需要全體員工全額申報，差額部分會扣除。申報錯誤更正後，涉及補稅的，按規定收取滯納金。您需要提供收入憑證等資料到辦稅服務廳或網上辦稅服務廳辦理相關手續。
網上辦稅服務廳更正申報流程:點擊稅務軟件左側的申報更正，選擇需要更正的記錄，點擊最右側的更正，發起更正請求；這時系統會自動跳轉到報表填報界面，修改報表數據，重新發送。
2.申報個人所得稅時自然人信息有誤。
核對申報信息時，發現自然人信息有誤，如身份證號、姓名、國籍等。目前可以並行使用多個自然人的證書進行操作。合並文件需要在稅務局處理。在處理之前，需要收集個人年度所得稅基本信息表(表B)。
3.自然人有壹個以上的納稅申報記錄。
自然人在查詢過往個人所得稅納稅申報記錄時，如果發現不同單位在同壹時間段內按工資薪金項目代扣代繳個人所得稅，需要進行合並申報。不同公司分別申報工資薪金，會有重復扣3500元。因此，納稅人需要攜帶收入證明等證件到辦稅服務廳，需要填寫《個人所得稅自行納稅申報表》(表格A)。如果涉及到補稅，按照規定要收滯納金。
二、納稅申報需要註意哪些問題？
1，個人收入是否全部納入申請收入範圍；
即單位支付給個人的所有獎勵，包括現金和實物，是否計入總收入；是否包括津貼、獎金、年終加薪和其他與就業有關的收入。
2、年終獎計算的適用範圍是否正確；
年終獎雖然納入了適用範圍，但是計算方法不同，會造成個稅少繳的風險，這也是需要註意的問題。比如是否需要平均分攤到壹年的所有月份，在實踐中要區別對待。
3.納稅人數是否與實際繳納的所有人壹致。