1、提交退稅申請：員工向所在單位的人力資源部門或者財務部門提交退稅申請，並提供相關證明材料。這些材料可能包括個人所得稅完稅證明、收入明細、工資單等。
2、審核退稅申請：單位收到員工的退稅申請後，會進行審核，並確認多繳或者錯繳的稅款金額。
3、報送退稅資料：單位將審核通過的退稅申請和相關證明材料報送到稅務部門。
4、稅務部門審批：稅務部門收到退稅資料後，會進行審批，並確定退稅金額。
5、退稅款項發放：稅務部門將審批通過的退稅款項發放到員工的個人銀行賬戶或者工資賬戶中。
可以通過以下兩種方式申請退稅：
1、自然人電子稅務局（扣繳端）：如果是企業授權的自然人電子稅務局辦稅員，可以通過個人所得稅APP掃碼登錄，或者采取授權密碼登錄。在“代扣代繳”界面，點擊左側菜單退付手續費核對，點擊確定系統提示，自動獲取2022年度申報的數據清冊。如果系統沒有自動獲取2022年度申報清冊，請點擊獲取結報單，獲取2022年度申請清冊。確認結報單，查看核對上壹年度本單位個人所得稅扣繳匯總與明細申報記錄，確認實繳（退）金額及入（退）庫時間是否正確。核對無誤，並勾選申請記錄，點擊下壹步。
2、個人所得稅APP：下載個人所得稅APP，註冊賬號，登陸賬號。個人所得稅APP非常智能，註冊好之後，在個人中心完善個人信息，並添加銀行卡，這張銀行卡就是稅款將要退回的地方。查詢年度的納稅明細。可以在首頁的“收入納稅明細查詢”壹欄中查詢，裏面有年度和每個月的的收入金額和已申報稅額。在辦稅界面-稅費申報-綜合所得匯算申報處進行申報。默認的是簡易申報，系統已經自動計算出退稅金額。如果需要調整申報數額，可以切換到“標準申報”進行辦理。確認提交後就可以申請退稅啦。
綜上所述：個人所得稅的退稅申請是有時間限制的，壹般是在次年的3月1日至6月30日之間進行申請。此外，如果員工已經向稅務部門申請過退稅，但是未獲批準，也可以向單位的人力資源部門或者財務部門咨詢，了解未獲批準的原因，並重新申請。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第五十壹條
納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。