風險管理理念有待更新。稅收風險管理理念作為國際上壹種先進的管理理念，引入我國稅收管理實踐的時間還不長，稅務人員對稅收風險管理理念的學習和認識還有壹個過程，稅收管理工作仍然停留在原有的思維模式中，風險管理還沒有普遍運用到稅收征管中去，征納雙方法律地位平等的理念還沒有從根本上樹立起來，納稅人忽視稅法遵從和風險管理的現象依然存在。
稅收征管程序有待規範。現行稅收征管程序是根據原“34字征管模式”制定的，在實施稅源專業化管理新體系下已顯得陳舊和不完善，稅源管理缺位的問題比較明顯，重點稅源管理程序不細化，中小稅源管理程序過於復雜；納稅評估的法律地位不明確，納稅評估的質量不高，對納稅申報真實性、合法性審核不到位，稅收征、管、查等環節的配合不協調，制約征管質量和效率的提高。
稅源分類管理有待改進。管戶與管事相結合、屬地管理與分類管理相結合的原則在《稅收管理員制度》中有明確的規定，但在實際征管工作中，稅收管理員仍舊習慣於屬地劃片固定管戶方式，稅源管理職責分工不夠科學，對所有的納稅戶均衡安排征管力量，導致重點稅源和重點行業等高風險領域管理力量不足，征管力量占比相對較低，壹些復雜涉稅事項的管理層級較低。
信息管稅水平有待於提高。信息管稅為稅源管理提供支撐作用，“全面、及時、準確”六字數據采集要求不能落到實處，現有數據質量水平不高；政府部門等第三方配合不夠，第三方信息***享平臺沒有建立起來，內、外部涉稅信息比對困難較多；數據分析設立的指標較多，沒有建立統壹的數據分析模型，缺少壹個統壹的數據分析應用平臺，傳統的分析手段無法適應信息管稅的新形勢。
稅源管理運行機制有待加強。由於稅源管理運行機制仍在探索過程之中，完善互動機制的相關法規、制度還不夠配套。就內部而言，目前稅源互動機制在環節上不夠流暢，銜接不緊，影響了其應有效能的發揮；就外部而言，稅務部門與政府部門等單位缺乏信息交換，壹些部門對協稅護稅工作重視不夠，主動參與的積極性不高，不願提供涉稅信息，加大了稅源監控工作難度。
二、改進現行稅收管理方式的對策
轉變管理理念，實施稅收風險管理。稅務機關應將風險管理的理念和方法貫穿於稅收征管全過程，根據稅源分布和構成的特點，制定稅收風險管理戰略規劃，加強稅收風險事前防控工作，探索和完善企業稅收管理與服務機制，健全風險評價、監控和應對體系，幫助納稅人自覺提升風險防控能力。深入分析查找風險源，總結稅收風險管理的方法和規律，研究制定分行業稅收管理指南，強化稅源監控和評估。建立完善風險管理導向下的稅收征管流程，逐步推行“統壹分析、分類應對”，統壹開展風險分析監控，進行風險分析識別、等級排序、任務推送、監控評價工作。實施風險分類應對，對低風險納稅人進行納稅輔導、風險提示，給納稅人提供自我修正的機會；對中、高等級風險納稅人進行納稅評估；對涉嫌偷逃騙稅納稅人移送稽查部門依法查處。
加強制度管理，規範稅收征管程序。依法完善納稅人自主申報納稅、代扣代扣、代收代繳以及稅務機關核定納稅制度，進壹步減少涉稅審批事項和受理申報前的調查、認定等制度安排，使納稅人成為自主遵從稅法的主體。在明晰征納雙方權利義務的基礎上，按照申報納稅、稅收評定、稅務稽查、強制征收、法律救濟等環節，優化稅收征管基本程序。納稅人依法自覺履行申報納稅義務，對申報納稅行為負法律責任，稅務機關為納稅人實現申報納稅提供納稅服務；受理申報納稅後，稅務機關對納稅人的申報納稅情況進行稅收評定；有涉嫌偷、逃、騙稅等嚴重違法情形的，開展稅務稽查；對不依法履行納稅義務的，稅務機關采取稅收保全、強制執行等措施追征稅款；納稅人對稅務行政處理決定不服的，可以依法申請行政復議或提起法律訴訟，獲得法律救濟。
實行科學認定，推進分類分級管理。按納稅人規模和行業，兼顧反避稅、出口退稅等特定業務，對稅源進行科學分類。大企業應參照國家相關標準、結合稅收管理特點來劃分確定，根據納稅人的類型特點，將稅源管理職責在各層級、各部門、各崗位之間進行分解，逐步使各級稅務機關都成為稅收風險管理的實體。在做好大企業管理的同時，各級稅務機關應著力抓好占稅收收入80%左右的重點稅源管理，對非大企業的重點稅源，可因地制宜制定切實可行的管理措施。對中小微企業，可按行業進行專業化管理，也可采取符合當地實際的集約化管理方式。對個體工商業戶，稅務機關直接管理力量不足時，在依法核定稅收定額的基礎上，可實行委托代征與稅務機關監管相結合的方式。對自然人納稅人，加強源泉控管、代扣代繳或委托代征管理，尤其要充分運用第三方信息加強高收入者稅收管理工作。
改進控稅模式，強化信息管稅工作。以解決征納雙方信息不對稱問題為重點，以涉稅信息采集、分析、應用為主線，以現代信息技術為依托，加強業務與技術的融合，推動業務、制度、技術創新，優化資源配置，不斷深化信息管稅。完善信息管理規範和標準體系，統壹涉稅信息的數據標準、口徑，規範和加強數據采集工作，不斷提高數據質量。推進與其他政府部門之間的信息***享，拓展數據采集渠道，及時、完整、準確地采集納稅人申報信息和第三方信息。建設數據分析應用系統，完善稅源監控體系和收入核算管理平臺，強化信息應用，加強分析比對，促進稅收管理。綜合運用稅收彈性分析、稅負分析、稅收關聯分析等方法，深入開展經濟稅源分析、政策效應分析、管理風險分析和預測預警分析，增強稅收分析和應對能力，提升信息管稅水平。
加強內部管理，完善稅源管理運行機制。加強統籌協調，建立健全各級稅務機關之間、稅務機關內部各部門之間、稅務機關與外部門之間縱橫結合、內外協作的稅源管理運行機制。完善縱向互動機制，按照分類分級管理要求，合理劃分各層級間稅源管理職責，科學界定稅收管理員職責，探索提升跨區域經營納稅人的管理層級，強化縱向配合。完善橫向聯動機制，加強稅收分析、納稅評估、稅務稽查等環節以及國稅局、地稅局之間戶籍管理、信息***享、稅收執法等工作的合作。建立外部協作機制，加強與相關部門和社會組織的溝通，推進政府主導、稅務負責、部門配合、社會參與的信息***享和協稅護稅體系建設，積極推動行政法規、地方性法規、政府規章等征管保障辦法的制定，積極參與各級政府建立的信息***享平臺和社會信用體系建設。