稅務稽查具有四項基本職能，即監督職能、懲處職能、教育職能和收入職能。從稅務稽查工作的實踐來看，其職能作用發揮不夠理想。稽查部門普遍重視稅務稽查組織收入的職能作用，而對監督、懲處和教育職能重視不夠。
當前，稽查系統要落實四項指標考核：稽查收入不低於國稅部門組織征收的各項稅收收入總額的1.5%，稽查選案準確率達到80%以上，稽查收入入庫率達到90%以上，稽查案件結案率達到95%以上。受這種考核體制的影響，稽查部門往往大規模地組織納稅人開展稅收自查，只重視稅款入庫的多少，忽視大要案件的辦理，達不到處理壹個，教育壹批，治理壹片的效果。在當前納稅人納稅意識普遍還很薄弱的情況下，這種收入型稽查發揮的作用是眼前的、短期的，不能從根本上提高納稅人的依法納稅意識。
(二)稽查人員的素質尚需進壹步提高
近幾年，各級稽查局通過“請進來，走出去”的培訓辦法，加強了壹線稽查人員的學歷教育和專業知識的培訓。如果僅從學歷和職稱來看，應該說現在的稽查人員素質還是比較高的。但在實際工作中，學歷的高低並不壹定反映壹個人能力的高低。據調查，有的同誌在稽查崗位工作多年仍然不會查賬。本來要到納稅戶檢查增值稅納稅情況的，卻去查扣除項目等屬於所得稅的問題。檢查增值稅時，對如何計算企業稅負水平，如何利用賬戶對應關系的原理發現問題似懂非懂，只會檢查進項稅額抵扣問題；有些同誌缺乏嚴謹的工作作風，片面追求檢查速度，結果“撿了芝麻，丟了西瓜”；還有些同誌為應付考核不交“白卷”，就象征性地找幾個“不癢不痛”的問題交差走過場。更有甚者，借工作職務之便謀取私利，進行“吃、拿、卡、要、借、報”等，順其意者，對偷、騙稅問題視而不見，甚至大開綠燈；逆其意者，即使沒有問題，企業也要飽受“折磨”。凡此種種，都在壹定程度上反映出稽查人員的政治素質和業務素質亟待進壹步提高。
(三)稽查手段仍需強化（相關問題可以了解才會網）
當前，各級稽查局基本上都配置了電腦、汽車、傳真機、復印機、數碼照相機等辦案工具，與前幾年相比，稽查裝備已有所改善。這是各級稅務局領導重視稽查工作、加大經費投入的結果。稽查裝備的改善，在壹定程度上促進了稽查手段的現代化，逐步改變了以前那種對大案、疑案無從下手的被動局面。但隨著經濟發展和科學技術的進步，在我們逐步改善稽查裝備的同時，不法分子也在不惜血本地武裝自己，作案裝備越來越精良和先進，手段也越來越狡猾和隱蔽，造成稽查工作出現了 “選案難、調賬難、取證難、定性難、執行難”等壹系列問題。這些問題在警示我們：目前，我們的稽查裝備和稽查手段離“快、狠、準”地打擊稅收違法活動的要求還存在壹定的差距，必須采取措施切實改變稽查裝備滯後的狀況，加快稽查手段現代化的步伐。
(四)人為幹擾稽查執法的現象時有發生
人為幹擾稽查執法，不僅會妨礙案件的查處效率，而且會影響案件處理的公正性。這種不正常的現象在全國都普遍存在。人為幹擾稽查執法的情形主要有以下三種：壹是稽查人員剛對被檢查人發出《稅務檢查通知書》，還未進場實施檢查，各級稅務局或稽查局領導就受到壓力，不得不放棄檢查。被檢查人的稅務違法違章行為根本得不到及時糾正。二是稽查人員前腳查完，後腳就有人跟著來說情或施壓，使檢查出來的問題，被“人情”大事化小，小事化了。稽查人員的壹番心血化為了無效勞動，工作價值得不到肯定，嚴重挫傷了稽查人員的工作積極性。三是對檢查出來的問題，經“說情”後，或以補代罰，或以罰代刑，助長了被檢查人的僥幸心理，淡化了稅法的剛性。
(五)監督制約機制尚待進壹步完善
多年來，稅務部門積極探索各種有效的監督措施，建立健全了案件審理制度、稽查內部“四分離”制度等，以此來規範和約束稽查執法。但從目前的情況來看，這種監督未能是全方位、多層次的，僅僅依靠這些監督機制顯然還遠遠不夠，還需要通過建立健全其他監督機制，比如信息技術監督、內部黨組織監督、國家權力機關監督、社會監督等，才能克服少數稅務稽查人員頭腦中存在的“隨意行政”、“無責任行政”觀念。另外，現有的壹些監督制約機制也需要完善。比如，壹些稽查局只在形式上完成了稽查“四分離”工作框架，未能真正按此進行分工。選案、審理、執行三個環節對實施環節的監督、制約基本上基本流於形式，特別是審理環節對實施環節移送的案件，未能嚴格把關。對案件的審理，基本上都是同意實施環節的處理意見，很少有退回重新稽查或補充稽查的現象。
（六）缺乏有效的稽查動力機制
現行的稽查工作，盡管對稽查成績突出的人員實行壹定的精神獎勵和物質獎勵，但是這種獎勵受壹定比例指標的限制，能進入獎勵範圍的人員畢竟為數不多。物質獎勵也存在著吃“大鍋飯”的現象，沒有體現多勞多得、獎勤罰懶的原則，導致壹部分幹部職工進取心和積極性有所弱化，消極應付、推諉扯皮現象時有發生，造成做多做少，幹好幹壞，幹與不幹壹個樣的局面，沒有很好地引入競爭機制、獎懲機制來充分地調動廣大稽查人員的工作積極性。