股權投資差額形成的主要原因是投資者在證券市場向第三方購買股權時，購買價格高於或低於按持股比例計算的應享有份額。這是投資過程投資雙方***同自願形成的結果。
股權投資差額的實質和構成
股權投資差額是指采用權益法核算長期投資時，投資方投資成本與事有的受資方所有者權益份額的差額，可用因素分標法，將其分解為：
股權投資差額Ⅰ：按公允價值計量的受資方可辨認凈資產中投資方所占份額與受資方可辨認凈資產賬面價值中投資方所占份額時差額。這部分差額表明，由於時間流逝、技術進步反物價變動等因素。受資方的可辨認凈資產價值已經改變，而對這部分可辨認凈資產雙方采用了不同的計量基礎，投資方按公允價值確認，面受資方按歷史成本確認，因此產生了差額。
股權投資差額II：投資方投資成本與按公允價值計量的受資方可辨認凈資產中投資方所占份額的差額。產生差額的原因是由於受資方有本人賬的商譽，投資方願意以高於受資方可辨認凈資產公允價值的金額將其買進。可用公式表示如下：
股權投資差額=投資成本壹受資方可辨認凈資產賬面價值中投資方所占份額=（投資成本壹受資方可辨認凈資產公允價值中投資方所占份額）＋（受資方可辨認凈資產公允價值中投資方所占份額壹受資方可辨認凈資產賬面價值中投資方所占份額）壹股權投資差額I十股權投資差額II
股權投資差額的會計處理
會計實務中，長期股權投資的權益法下，把投資雙方視為壹個經濟利益密切相關的整體，對投資時產生的股權投資差額采取的處理方法是：投資支付的價款高於應享有份額而產生的差額，應按其差額相應調減投資成本；投資支付的價款低於應享有份額而產生的差額，應按其差額相應調增投資成本。
使“投資成本”科目的數額等於按持股比例計算的應享有被投資單位所有者權益的份額。目的是使會計信息能真實地反映投資時投資成本與應享有份額的關系，也使投資者對自己投資所付價款的多少做到心中有數。如果投資時支付的價款大於應享有的份額，意味著該項投資將來應有較大的投資回報（投資收益）來彌補投資時多付價款的“損失”；如果投資時支付的價款小於應享有的份額，則意味著該項投資將來得到的投資回報較小，投資時少付的價款應作為壹種收益分期計入投資收益。
股權投資蓋額、合並價差、合並商譽的關系
股權投資差額、合並價差、合並商譽都與企業合並的會計處理有關，三者不僅在數值上有聯系，並且所反映的經濟實質也有相通之處。
（壹）從數值上講，三者的關系可以表示為如下兩個等式：
1、股權投資差額II=合並價差II=合並商譽。三者都是購買方的購買成本與被購買方可辨認凈資產公允價值中屬於母公司股權份額之間的差額。 2、股權投資差額=合並價差I十合並價差II。二者都是母公司對子公司權益性資本投資數額與同壹子公司所有者權益中屬於母公司股權份額之間的差額。
（二）從反映的經濟實質來看，股權投資差額II、合並價差II、合並商譽反映了相同的經濟實質。購買方願意以大於被購企業公允價值的金額實施購買行為，是因為預期被購企業存在的優越條件和無形資源在未來有可能使控股企業獲取超額利潤。為獲得這些優越條件和無形資源的控制權所付出的代價，在權益性資本投資時確認為股權投資差額II，在合並報表時又確認為合並價差II，但其實質都是商譽。
實際上，從會計處理實務中可以發現三者的同源性：合並會計報表時，將母公司長期股權投資和子公司所有者權益中母公司所擁有的份額抵銷，借記合並價差，貸記長期股權投資，長期股權投資中的股權投資差額。II也就轉化為合並價差II；在國際會計準則中，這部分差額在母公司報表和合並報表中都確認為商譽。
無論從內涵上，從會計實務處理上，股權投資差額II、合並價差II和合並商譽只是對同壹會計事項的不同表述。正確認識這壹問題，有助於改進合並報表會計處理方法，更好地體現會計相關性、明晰性原則。