1、形式上的區別，電子發票就是電子形式的發票，增值稅發票是紙質的發票，分為增值稅普通發票和增值稅專用發票；
2、抵扣上的區別，電子發票原來屬於普通發票，現在也有了電子專用發票，不論是紙質專票、還是電子專用發票，都可以抵扣；
3、取得方式的區別，電子發票是通過電子發票服務平臺查詢、下載取得的，傳統紙質發票是銷售方直接開出來、購買方拿到的。
電子發票是信息時代的產物，同普通發票壹樣，采用稅務局統壹發放的形式給商家使用，發票號碼采用全國統壹編碼，采用統壹防偽技術，分配給商家，在電子發票上附有電子稅務局的簽名機制 。
增值稅專用發票是由國家稅務總局監制設計印制的，只限於增值稅壹般納稅人領購使用的，既作為納稅人反映經濟活動中的重要會計憑證又是兼記銷貨方納稅義務和購貨方進項稅額的合法證明，是增值稅計算和管理中重要的決定性的合法的專用發票。
法律依據
《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》
第三條 發票的基本聯次包括存根聯、發票聯、記賬聯。存根聯由收款方或開票方留存備查；發票聯由付款方或受票方作為付款原始憑證；記賬聯由收款方或開票方作為記賬原始憑證。
省以上稅務機關可根據發票管理情況以及納稅人經營業務需要，增減除發票聯以外的其他聯次，並確定其用途。第七條 全國統壹的發票防偽措施由國家稅務總局確定，省稅務局可以根據需要增加本地區的發票防偽措施，並向國家稅務總局備案。
發票防偽專用品應當按照規定專庫保管，不得丟失。次品、廢品應當在稅務機關監督下集中銷毀。第十條 監制發票的稅務機關根據需要下達發票印制通知書，被指定的印制企業必須按照要求印制。
發票印制通知書應當載明印制發票企業名稱、用票單位名稱、發票名稱、發票代碼、種類、聯次、規格、印色、印制數量、起止號碼、交貨時間、地點等內容。