紙質發票和電子發票的區別如下：
1、呈現方式不同：
紙質發票是以紙質方式呈現的，電子發票是以數字方式呈現的；
2、保存的方式不同：
紙質發票是需要好好保存紙質發票，電子發票只要保存好電子檔就可以了，必要的時候再進行打印，不會因為丟失紙質的找不到備份；
3、開票成本不同：
與傳統紙質發票相比，電子發票管理系統可以在線開票，節省發票工本費、稅控機成本以及相關人力成本；
4、發票聯次不同：
紙版專票有三聯版和六聯版，基本聯次為三聯：第壹聯為記賬聯，是銷售方記賬憑證；第二聯為抵扣聯，是購買方的扣稅憑證；第三聯為發票聯，是購買方的記賬憑證。
電子專票只有壹聯，銷售方和購買方都壹樣。
5、丟失的處理方法不同：
紙版專票丟失了，視不同情況采取不同的措施，兩聯均丟，要取得開票方加蓋其發票專用章的記賬聯；丟了其中壹聯（發票聯或抵扣聯），用另壹聯的復印件替代。
電子專票丟了或者誤刪了，可以根據發票代碼、發票號碼、開票日期、開具金額（不含稅）等信息，在全國增值稅發票查驗平臺查驗通過後，下載電子專票。如不掌握相關信息，也可以向開票方重新索取原電子專票。
法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法實施細則》第三條
發票的基本聯次包括存根聯、發票聯、記賬聯。存根聯由收款方或開票方留存備查；發票聯由付款方或受票方作為付款原始憑證；記賬聯由收款方或開票方作為記賬原始憑證。
省以上稅務機關可根據發票管理情況以及納稅人經營業務需要，增減除發票聯以外的其他聯次，並確定其用途。第七條全國統壹的發票防偽措施由國家稅務總局確定，省稅務局可以根據需要增加本地區的發票防偽措施，並向國家稅務總局備案。
發票防偽專用品應當按照規定專庫保管，不得丟失。次品、廢品應當在稅務機關監督下集中銷毀。第十條監制發票的稅務機關根據需要下達發票印制通知書，被指定的印制企業必須按照要求印制。
發票印制通知書應當載明印制發票企業名稱、用票單位名稱、發票名稱、發票代碼、種類、聯次、規格、印色、印制數量、起止號碼、交貨時間、地點等內容。