通行費電子發票如果有稅額，可以勾選確認並抵扣；若為不征稅或免稅發票，則不能抵扣。納稅期限由主管稅務機關根據納稅人應納稅額的大小分別核定，不固定期限納稅的，可按次納稅。企業開通電子承兌需交年費，收取工本費及手續費。稅法規定先付款後開票，稅務機關先征稅後開發票，禁止非法代開發票。不征稅的通行費發票可以抵扣。交契稅後，可在稅局領取發票或官網打印。增值稅普通發票代開，需登錄稅務局網站，填寫信息後繳費獲得發票。交罰款時，填寫處罰決定書後至銀行繳納。
電子專票的使用流程：
1、申請開通：企業需要向稅務機關申請開通電子發票服務；
2、開票軟件：企業需使用稅務部門認可的開票軟件進行電子發票的開具；
3、發票信息填寫：在開票軟件中填寫購買方信息、銷售方信息、商品或服務明細等；
4、發票審核與開具：發票信息填寫完畢後，進行審核，無誤後進行開具；
5、發票簽章：電子發票開具後，系統會自動對其進行電子簽章，確保其合法有效；
6、發票發送：開具完成的電子發票可以通過電子郵件或其他電子方式發送給購買方；
7、發票驗真：購買方收到電子發票後，可通過稅務局提供的發票驗真平臺進行真偽驗證；
8、發票入賬與報銷：購買方在驗證發票無誤後，可將其入賬並用於報銷或稅務申報。
9、發票歸檔：電子發票應當妥善保存，以備日後查驗或審計使用。
綜上所述，電子專票開具後不直接繳稅，通行費電子發票可抵扣稅額，但不征稅或免稅發票不能抵扣。納稅期限根據納稅人應納稅額的大小核定，企業開通電子承兌需交年費、工本費和手續費。稅法規定先付款後開票，禁止非法代開發票。不征稅的通行費發票可抵扣，交契稅後可在稅局領取發票或官網打印。增值稅普通發票代開需登錄稅務局網站填寫信息後繳費獲得發票，交罰款時需填寫處罰決定書後至銀行繳納。
法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》
第十條
發票應當套印全國統壹發票監制章。全國統壹發票監制章的式樣和發票版面印刷的要求，由國務院稅務主管部門規定。發票監制章由省、自治區、直轄市稅務機關制作。禁止偽造發票監制章。