a.稅務機關要視具體條件全面實行發票集中保管制度。稅務機關要設立專門的庫房和櫥櫃，分類、分戶、分櫃存放企業的發票，嚴格控制發售數量，並設立發票管理總帳和明細分類帳，對所有集中保管的發票都要登記入帳。
b.企業領回的發票，也要設立專櫃保管。對稅務機關沒有條件實行發票集中保管的，用票單位還應視具體情況，設立專庫（櫃），確保發票安全。
c.稅務機關以及用票單位和個人都要指定專人保管空白發票。
d.印刷和使用發票的單位以及稅務機關的專用倉庫，其設計、施工和日常安全管理應參照《倉庫防火安全管理規則》執行。
2、作廢發票的保管
作廢發票多種多樣，對不同的作廢發票，應當采取不同的管理方法：
(1) 開具發票過程中出現的作廢發票的管理。對由於開票人員工作失誤或其他原因開錯的發票，應當在發票上加蓋“作廢”戳記，重新開具發票，不得在開錯的發票上塗改。開錯的“作廢”發票必須全部聯次妥善保管，粘貼在原發票存根上，不得私自銷毀，以備查核。
(2) 政策調整或變化造成作廢發票的管理。稅務機關實行發票統壹換版或政策變化以後，壹般規定壹個過渡期，在過渡期內，新舊發票可以同時使用，到期後，舊版發票應當在稅務機關收繳完畢以後，指定專人集中保管，並登記清冊，經辦人員和負責人簽字後，統壹銷毀。增值稅專用發票的銷毀須報經省國稅局批準。
3、發票存根的保管
用票單位和個人已使用過的發票的存根，也應妥善保管。在保管期限內，任何單位和個人都不得私自銷毀。
4、丟失發票的處理
業戶發票丟失應書面報告主管稅務機關，並在報刊和電視等傳播媒介上公告聲明作廢。聲明播出或刊登後，業戶要將有關資料報送主管稅務機關備查，稅務機關應將此類聲名分類登記在案，供鑒定真偽發票時參考。丟失數量較多的或可能造成後果較重的，還要抄送到有關部門備查。壹般納稅人丟失增值稅專用發票應按照有關規定，在案發當日向當地公安機關和主管國稅機關匯報。