目前總局沒有相關規定，請參考以下地方政策。在實際操作中，我們建議，如果發票蓋章不清晰，盡量作廢，重新開具。
大連市國家稅務局答疑解惑-
企業開具增值稅發票，加蓋發票專用章時不清楚，可以在旁邊再加蓋壹個嗎？
妳不能。根據《中華人民共和國發票管理辦法》第二十二條規定，發票應當按照規定的期限、順序、欄目壹次性開具，並加蓋專用發票印章。
《中華人民共和國發票管理辦法實施細則》第二十八條規定，開具發票時，單位和個人必須按照號碼順序填寫，填寫內容真實、字跡清晰的各項，壹次性打印全部復印件，內容完全壹致，並在發票復印件和抵扣聯上加蓋發票專用章。
根據上述規定，企業開具的所有增值稅發票都必須壹次性如實開具，政策強調的是“壹次性”。所以只允許蓋壹個發票專用章。沒有明確蓋章的，不允許在旁邊加蓋第二個發票專用章。
泰安市國家稅務局的回答-
網友評論:我司7月份給寧波開了增值稅發票。因為蓋章不清，抵扣上蓋了兩張專用發票。寧波國稅局表示，這兩枚郵票不符合規定，不予認證。它傳真了國家稅務局的證明，並要求提供新的發票。是否符合發出負輸出的條件？請問稅務局可以從我們這裏發出負產出的通知嗎？
泰安市國稅局貨物和勞務稅科科長白海波:我跟寧波壹家企業開增值稅發票。因為有兩個印章，對方不肯給認證。出現這種情況後，對方國家稅務機關要給他出具壹個不予認證的證明，已經傳真過去了。這是開票或蓋章時的錯誤。賣方應向主管稅務機關填寫申請表，並在專用發票的認證期內填寫具體原因。以及對應的藍色專用發票的信息，以及買方出具的拒收理由，就可以開具通知書，通知可以重新開具紅字發票，重新開具增值稅發票。
深圳國稅:發票上加蓋了發票專用章，但印章不清晰。我該怎麽辦？
a:妳可以在發票旁邊加蓋公章，或者用紅墨水將發票作廢。