1、概念不同
（1）稅法協查：根據稅法規定內容由稅務機關幫助企業協助查詢稅收問題。
（2）核查：就是純粹由稅務機關出面進行帳務的核對和稅收檢查。
2、形式不同
（1）稅法協查：由企業和稅務機關兩方***同出面。
（2）核查：只有稅務機關壹方出面。
3、性質不同
（1）稅法協查：性質比核查輕，企業自己發現問題還可以補交稅，情節比較輕微。
（2）核查：性質比較嚴重，由人或企業舉報，還可能是稅務機關直接發現了偷稅的證據等。
4、采用的方法不同
（1）稅法協查：先采用企業自查的方式，企業將自查結果上報稅務機關，稅務機關認為不滿意，會指出補充調查的內容和方法。
（2）稅務機關進行稅務核查，壹般采用以下三種方法:
①稅務查賬
稅務查賬是對納稅人的會計憑證、賬簿、會計報表以及銀行存款賬戶等核算資料所反映的納稅情況所進行的檢查。這是稅務檢查中最常用的方法。
②實地調查
實地調查是對納稅人賬外情況進行的現場調查。
③稅務稽查
稅務稽查是對納稅人的應稅貨物進行的檢查。
稅務機關對從事生產、經營的納稅人以前納稅期的納稅情況依法進行稅務檢查時，發現納稅人有逃避納稅義務行為，並明顯的轉移，隱匿其納稅的商品、貨物以及其他財產或者應納稅的收入跡象的，可以按照《稅收征管法》規定的批準權限采取稅收保全措施或者強制執行措施。此項規定是2001年《稅收征管法》修訂新增內容。賦予稅務機關在稅務檢查中依法采取稅收保全措施或強制執行措施的權力，有利於加強稅收征管，提高稅務檢查的效力。