發票作廢的具體操作流程為：
1、作廢增值稅專用發票最重要的是在開票系統裏作廢，在發票填開窗口裏有個發票作廢壹欄，單點需要作廢的發票，將其點成深色，再點擊下面的作廢按鈕，這張發票就在稅務系統裏作廢了，這才叫真正的作廢，就可以不用上稅了。然後再對紙質發票作廢，這就是次要的了，如果單位有作廢章，蓋作廢章看起來正規點，如果單位沒有作廢章，就直接用筆寫在發票上（發票自帶復寫，每壹張都作廢了），然後將作廢的三聯發票保管好，留單位備查就行了。
2、作廢發票必須是當月的發票，如果跨月的發票，是不可能作廢的（金稅系統裏是不認可的），只能采取開紅字的方式沖掉該發票（開紅沖發票有專門的手續）。
壹、可以先開發票後付款嗎
壹般不可以先開發票後付款。但是增值稅發票可以先開後付款，如果發票已開，對方不付款，稅票不以隨意作廢。需要收回發票聯和抵扣聯，且發票開具日期為當月才可以作廢。當月開具的增值稅專用發票當月可以作廢，銷售方沒有抄稅並且沒有記帳的，之後便不能作廢，只能紅字沖回。紅字沖回增值稅專用發票，須去國稅窗口辦理相關手續，取得相關證明方可開具紅字專用發票，作沖回銷貨處理。
二、已認證抵扣的發票退回要怎麽處理
購貨方已經認證的發票，被退回時需要按照不同的情況進行處理：1、購買方取得專用發票已用於申報抵扣的，購買方可在增值稅發票管理新系統（以下簡稱“新系統”）中填開並上傳《開具紅字增值稅專用發票信息表》（以下簡稱《信息表》，詳見附件），在填開《信息表》時不填寫相對應的藍字專用發票信息，應暫依《信息表》所列增值稅稅額從當期進項稅額中轉出，待取得銷售方開具的紅字專用發票後，與《信息表》壹並作為記賬憑證。2、購買方取得專用發票未用於申報抵扣、但發票聯或抵扣聯無法退回的，購買方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。銷售方憑稅務機關系統校驗通過的《信息表》開具紅字專用發票，在新系統中以銷項負數開具。按照銷項負數發票進行賬務處理。
三、增值稅專用發票怎麽開
增值稅專用發票開票步驟如下：
1、點擊進入系統，會先出現等候提示，再彈出操作員登錄畫框；
2、點擊專用發票填開；
3、彈出對話框後，要核對手上將要開出的紙質發票的種類，代碼和號碼是否與提示上的壹致，如壹致，點擊確認；
4、根據開票資料填開增值稅專用發票，填入對應的客戶的資料，貨物品名、數量，金額等；
5、點擊標題欄上打印，彈出發票打印畫框後，最後再點擊。
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法律依據：
《中華人民***和國發票管理辦法》第二十八條
開具發票的單位和個人應當在辦理變更或者註銷稅務登記的同時，辦理發票和發票領購簿的變更、繳銷手續。
第二十九條
開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自損毀。已經開具的發票存根聯和發票登記簿，應當保存5年。保存期滿，報經稅務機關查驗後銷毀。
《關於修訂增值稅專用發票使用規定的通知》第十三條
壹般納稅人在開具專用發票當月，發生銷貨退回、開票有誤等情形，收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。
作廢專用發票須在防偽稅控系統中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質專用發票（含未打印的專用發票）各聯次上註明“作廢”字樣，全聯次留存。