自用地下車庫不涉及土地增值稅
自用的具有產權的地下車庫，其處理應同房開企業自用開發產品相同，在自用時將開發產品地下車庫轉為固定資產，並計提折舊。自用部分按財政部、國家稅務總局《關於具備房屋功能的地下建築征收房產稅的通知》(財稅[2005]181號)的相關規定，對自用部分房產計征房產稅。城鎮土地使用稅方面，同出租處理相同，單獨建造的地下車庫應按應征稅款的50%申報城鎮土地使用稅。不涉及土地增值稅。
開發自用地下人防設施，如作為倉庫，或作為物業用房等等，由於未發生產權轉移，也不涉及申報繳納土地增值稅。
出租地下車位不需要繳納土地增值稅
根據《土地增值稅暫行條例》及其實施細則的有關規定，土地增值稅是對出售或者以其他方式有償轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物的行為所征收的稅。出售或轉讓應當以辦理相應產權為標誌，產權未發生轉移就不構成出售或轉讓。只出租地下車位的行為，因為沒有發生使用權的轉移，不需要繳納土地增值稅。
銷售地下車庫應繳納土地增值稅
房地產企業出售的地下停車位，以轉讓有限產權或永久使用權方式銷售建築物，視同銷售建築物。對其取得的銷售收入應繳土地增值稅。對於房地產開發企業銷售車庫的行為，無論其將來在民事法律上如何處理，在該行為發生時，應當視為房地產開發企業在房價之外另立名目向購房者加收房款，應當征收土地增值稅。
凡房地產開發企業與購房人簽訂銷售合同，約定將地下車庫所有權(使用權)轉讓給購房人的，取得的收入視同向購房人收取的價外費用，應按所購房屋的類型預征土地增值稅。
單獨辦理產權(所有權、使用權)轉移的車庫、儲藏間等輔房及停車位、地下停車場所，按其他類型房產預征土地增值稅。
根據《土地增值稅暫行條例》及其實施細則的規定，出售房屋所取得的收入減除取得土地使用權所支付的金額、開發的成本、費用及與轉讓房地產有關的稅金後的余額為計稅依據，按適用稅率計算繳納土地增值稅。
以盈利為目的的地下車庫股權轉讓征收土地增值稅
股權轉讓是股東間交易，被收購企業並不涉及房屋產權和土地使用權轉讓，單純的股權轉讓是不征收土地增值稅的。股東將持有的企業股權轉讓，企業土地、房屋權屬不發生轉移，不征收土地增值稅。而對於特殊的以轉讓房地產為盈利目的的股權轉讓是應征收土地增值稅的。
國家稅務總局《關於以轉讓股權名義轉讓房地產行為征收土地增值稅問題的批復》(國稅函[2000]687號)規定，鑒於深圳市能源集團有限公司和深圳能源投資股份有限公司壹次性***同轉讓深圳能源(欽州)實業有限公司100%的股權，且這些以股權形式表現的資產主要是土地使用權、地上建築物及附著物，經研究，對此應按土地增值稅的規定征稅。
《安徽省地方稅務局關於對股權轉讓如何征收土地增值稅問題的批復》(皖地稅政三字[1996]367號)規定，對投資聯營壹方由於經營狀況等原因而中止聯營關系，正常撤資的，其股權轉讓行為，暫不征收土地增值稅;對以轉讓房地產為盈利目的的股權轉讓，應按規定征收土地增值稅。
需要明確的是，土地增值稅的納稅人是以轉讓股權名義轉讓房地產行為的股東，而不是擁有土地使用權的被收購企業。股權轉讓以轉讓房地產為盈利目的，征收土地增值稅。因此，股權轉讓的目的是征不征收土地增值稅的關鍵。然而，如何判斷股權轉讓是否以轉讓房地產為盈利目，股東的轉讓股權比例如何確認。上述原則性規定難以參照，實務中也沒有具體的標準，以轉讓房地產為盈利目的股權轉讓征收土地增值稅的稅收政策有待細化和明確。
以地下車庫進行投資或聯營應繳納土地增值稅
財政部、國家稅務總局《關於土地增值稅若幹問題的通知》(財稅[2006]21號)規定，自2006年3月2日起，對於以土地(房地產)作價投資入股進行投資或聯營的，凡所投資、聯營的企業從事房地產開發的，或者房地產開發企業以其建造的商品房進行投資和聯營的，均不適用財政部、國家稅務總局《關於土地增值稅壹些具體問題規定的通知》(財稅字[1995]048號)第壹條暫免征收土地增值稅的規定，應按規定繳納土地增值稅。
青島市地方稅務局《關於印發<房地產開發項目土地增值稅清算有關業務問題問答>的通知》(青地稅函[2009]47號)明確，在投資或聯營環節，已對土地使用權投資確認收入，並對投資人按規定征收土地增值稅的，以征稅價格作為被投資企業取得土地使用權所支付的金額據以扣除。
《重慶市地方稅務局關於土地增值稅若幹問題的通知》(渝地稅發[2011]221號)規定，對以土地(房地產)作價入股進行投資的，凡所投資的企業從事房地產開發的，發生所有權轉移時應視同銷售土地(房地產)，按規定計算繳納土地增值稅。
名租實售地下車庫應視同銷售繳納土地增值稅
《合同法》第二百壹十四條規定：租賃期限不得超過20年。超過20年的，超過部分無效。租賃期限屆滿，當事人可以續訂租賃合同，但約定的租賃期限自續訂之日起不得超過20年。也就是說，法律只能保護車庫擁有20年的租賃使用權，超過20年的，法律不予保護。
名租賃實銷售車位，其實質是永久轉讓車位使用權，即通常所說的銷售地下車位(庫)。房地產企業將地下車位(庫)租賃給客戶，與客戶簽訂租賃協議，協議規定客戶預付租金，使用車位(庫)20年(或20年以上)後，車位(庫)歸客戶所有。這種業務名義上雖是租賃，但其性質與銷售已無實質區別。因此，這種租賃應開銷售不動產發票，按銷售不動產繳納土地增值稅。
土地增值稅是指轉讓國有土地使用權、地上的建築物及其附著物並取得收入的單位和個人，以轉讓所取得的收入包括貨幣收入、實物收入和其他收入減除法定扣除項目金額後的增值額為計稅依據向國家繳納的壹種稅賦，不包括以繼承、贈與方式無償轉讓房地產的行為。納稅人為轉讓國有土地使用權及地上建築物和其他附著物產權、並取得收入的單位和個人。課稅對象是指有償轉讓國有土地使用權及地上建築物和其他附著物產權所取得的增值額。
土地價格增值額是指轉讓房地產取得的收入減除規定的房地產開發成本、費用等支出後的余額。土地增值稅實行四級超率累進稅率。土地增值稅實際上就是反房地產暴利稅，是指房地產經營企業等單位和個人，有償轉讓國有土地使用權以及在房屋銷售過程中獲得的收入，扣除開發成本等支出後的增值部分，要按壹定比例向國家繳納的壹種稅費。
當前中國的土地增值稅實行四級超率累進稅率，對土地增值率高的多征，增值率低的少征，無增值的不征，例如增值額大於20%未超過50%的部分，稅率為30%，增值額超過200%的部分，則要按60%的稅率進行征稅。據專家測算，房地產項目毛利率只要達到34.63%以上，都需繳納土地增值稅。