根據妳的問題“房地產企業破產稅收有哪些？”及妳提供的資料“房地產企業在建工程資產被法院評估價值3.9億最後以2.1億變賣該資產，現在企業破產清算，企業對外債務4億，稅務也開出3千萬的增值稅、土地增值稅以及企業所得稅優先支付的通知。不知道這些稅款該不該交以及可以申請減免不。”和稅務局給妳單位提供的補稅資料可以得出：
壹、房地產企業破產涉稅處理
（壹）增值稅、城市維護建設稅、教育費附加及地方教育費附加涉稅處理
1、如果法院的裁定預售房屋購買者與破產企業簽訂的預售房合同全部解除，則破產企業不存在納稅義務， 原來已經申報按3%的征收率預繳的增值稅及對應的城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加和預征的土地增值稅應該給予退稅，沒有繳納的不用補繳。 壹般這種破產清算沒有交工的房屋法院都會裁定預售房屋購買者與破產企業簽訂的預售房合同全部解除，然後重新與購買破產企業的新的房地產公司重新簽訂購房合同；
2、拍賣的資產應按拍賣的費用計算繳納增值稅及對應的城市維護建設稅、教育費附加和地方教育費附加，稅務局提供的補稅資料中這四個稅種稅額是應該補繳的；
3、破產房地產企業不用按稅務局提供的資料5%預征率預繳土地增值稅，可以進行破產清算計算土地增值稅， 按清算結果補繳土地增值稅；
4、破產房地產企業也不用按3%的預征率預繳企業所得稅， 可以按破產清算計算企業所得稅應納稅所得額，補繳企業所得稅；
企業破產，要進行企業清算，需要處理企業財產，處置資產、追索債權、清償債務、然後對剩余財產按照股東出資比例分配，最後辦理註銷手續。
壹般情形，企業走到破產邊緣基本是資不抵債，陷入困境，因此破產的企業涉及到的稅收可能有欠稅和財產清理中產生的涉稅事項。
欠稅 ：破產申請受理之日超過納稅期限的稅款為欠稅，欠稅在企業破產中屬優先債權類。
財產清理變賣產生的稅款 ：不動產的處理不管是轉讓還是做為剩余資產分配給股東，都會發生產權上的轉移，涉及到增值稅、附加稅費、印花稅、土地增值稅、企業所得稅。
破產清算中處理財產涉及的稅收屬於破產費用類，進入破產程序後 因履行合同和發生經營而產生的稅收歸為 ***益債務類。
政策依據 ： 《企業破產法》第四十壹條、第四十二條、第四十三條及《最高人民法院關於審理企業破產案件若幹問題的規定》（法釋〔2002〕23號）
破產費用和***益債務是優先清償的，也就是說財產變賣了，要優先清償破產費用和公益債務，然後才是按順序清償破產債權。
關於題主的問題 ：根據題主給出的資料和數據，稅務機關列出的稅收都是進入破產申請後處置不動產產生的稅收：在建工程變賣2.1億元是含稅金額，增值稅、土地增值稅、企業所得稅都是以變賣收入為計稅依據計算的。
增值稅按簡易計稅計算的，土地增值稅、企業所得稅是按核定征收率計算的。
因此，表中所列的稅收為破產費用類，當然破產費用還有其他項目，比如：訴訟費用等。破產費用類的稅收應當以財產處理所得隨時清償的，沒有稅收優惠用變賣的2.1億元償還。
如果財產處理不足以清償破產費用和***益債務時，首先清償破產費用，若破產財產不足以清償破產費用，企業可申請終止破產程序，法院可依管理人申請而裁定終止破產程序，然後企業憑法院裁定辦理企業註銷，稅務機關在破產企業註銷登記後，根據相關的政策規定核銷這部分稅款。
特殊情形： 在破產程序中，如果企業實施了資產重組，可不用繳納增值稅，企業所得稅符合條件可以特殊性處理。
企業破產，是壹件比較悲催的事情，企業職工以及企業的老板股東，都是比較肉疼的事情。按照《中華人民***和國企業破產法》的規定，破產清算，有壹整套的法律規定，上面比較清楚的規範了破產過程中，企業用剩余資產余額，支付相關費、稅的支出順序。就壹般情況而言，其支出順序是有先後的：
1、第壹順序，企業人員工資，資產不足支付的，壹般首選按照當地政府規定的最低生活保障或者最低工資支付，超過的，按照比例計算支付。
2、國家規定的稅收，壹般是沒有強制先交什麽稅，主要是按照交易習慣和交易區間的規定，在什麽時候就交什麽稅。企業壹般做法，是按照先交車船稅等財產稅，再交增值稅，再交流轉稅，再交土地增值稅，再交所得稅。交完為止。
3、應付賬款，壹般按照比例分配，大家雨露均沾。
4、 股東分配，壹般也是按照股東投資金額，按照剩余財產，按照比例分配。