1.辦公室:制定局和系統的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責綜合會議組織、文秘事務、文電處理、文件歸檔、文印、信訪、保密、辦公自動化、政務調研、政務信息和稅務宣傳等工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；制定辦公室規章制度；負責本系統的目標管理考核和監督；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助領導綜合協調相關工作。
2.人事教育部門:研究並實施人事管理系統；負責局黨組的日常工作；負責組織、編制、任免、考核、調配、交流、解聘、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責對下壹級領導幹部和領導班子的監督管理和後備人選的培養選拔。負責離退休幹部的管理和服務，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。負責本系統的思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓管理。
3.監察室:負責對本系統各級國稅機關及工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律法規和政策的情況進行監督檢查；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理本級幹部舉報來信來訪、違法違紀案件和系統內重大案件。
4.政策法規部:開展相關政策法規的調研、宣傳和培訓；負責貫徹、建立和實施規範稅收執法的規章制度；負責組織對稅收法律法規執行情況的監督檢查；承擔審理重大稅收案件的日常工作；負責稅務行政復議、訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽和審核。
5.稅收征管辦公室:組織實施綜合稅收征管法律、法規和規章，制定綜合稅收征管制度和措施；指導稅務登記、納稅申報和稅務信息管理工作；牽頭對征管質量進行綜合評估；指導個體工商戶和集貿市場的稅收征管工作；負責組織除增值稅防偽稅控以外的征管軟件和稅控工具的推廣應用；負責普通發票的管理；負責社會稅收協作和稅收保護，協助司法機關打擊偽造、倒賣、竊取普通發票等違法行為；負責稅款緩繳、壞賬稅的管理，以及死欠稅的註銷；牽頭制定並組織實施綜合納稅評估制度和措施；負責納稅服務、日常稅源基礎管理、日常管理檢查及其綜合制度和措施的制定；負責稅務代理工作的監督、管理和指導。
6.流轉稅管理處:負責增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅等稅種的征收管理和稅收征管業務；貫徹執行流轉稅法律法規，並監督檢查執行情況；制定流轉稅征收管理的具體實施辦法；管理增值稅專用發票；負責增值稅防偽稅控的推廣和管理；負責增值稅、消費稅、營業稅等稅種的日常稽核檢查；負責增值稅壹般納稅人的納稅申報管理。
7.所得稅管理處:負責企業所得稅和儲蓄存款利息所得稅的征收管理及稅收征管業務；負責稅收具體問題的解釋和處理；負責制定所得稅征收管理的具體實施辦法；負責組織企業所得稅的日常檢查；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責涉外企業所得稅政策的管理，並監督檢查執行情況和日常管理。
8.進出口稅收管理辦公室:負責國家進出口稅收政策和管理措施的實施、日常監督檢查；負責出口貨物退免稅的審核，配合省局進行年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反騙稅檢查。
9.財務管理辦公室:負責本系統資金、財務、基建、設備、資產的管理；負責本局的財務管理；組織內部審計和政府采購；負責下屬單位的財務管理和監督。
10，計劃統計部:負責稅收計劃管理、稅務核算、統計及信息數據分析匯總；承擔納稅人納稅申報信息的集中處理和統壹核算，組織核對稅款的收付和退還；負責稅源數據的調查計算、稅收分析和重點稅源監控；負責稅務信息的調查；負責稅務憑證的管理。
11.辦稅服務廳(車輛購置稅):根據《青海省國家稅務局關於車輛購置稅機構設置及有關問題的通知》(青國稅發〔2005〕227號)，暫保留西寧市原車輛購置稅征收機構，名稱規範為西寧市國家稅務局辦稅服務廳(車輛購置稅)，級別與西寧市國家稅務局內設機構相同。
黨委辦公室:負責局機關、直屬機構、事業單位黨務、紀檢、工會、共青團、婦聯工作；負責局機關精神文明建設、思想政治工作和計劃生育工作。