壹般情況下，分公司如果是獨立核算，就可以與總公司相互開具發票，各自進行匯算清繳;反之，分公司如果不是獨立核算，就不可以和總公司相互開發票;分公司的帳務、報表匯總到總公司，由總公司進行匯算。分公司開發票必須取得營業執照以及國、地稅務登記證。分公司在進行了稅務登記後，可以向稅務局申領發票。如果分公司業務開具的是增值稅發票，分為以下三種情況：
1、分公司如果是壹般納稅人，就可以與總公司互相開具增值稅專業發票。
2、如果分公司是小規模納稅人，只能開具普通發票，而且總公司不能抵扣應繳稅款;總公司也只能給分公司開具普通發票，分公司不存在著抵扣問題。
3、小規模納稅人可以向稅務部門提出申請，委托代開增值稅稅率為3%(自09年起不再區分工、商業，壹律按照3%征收)的專用發票，但是對方公司只能3%的進項稅額，從自己的銷項稅額中抵扣。
總公司授權分公司獨立開發票合法。分公司無論是否為獨立核算，只要是從事生產經營，與總機構不在同壹縣(市)的，就應該到所在地主管稅務機關辦理稅務登記，接受稅務管理，繳納稅款，開具發票。經有權的稅務機關批準匯總納稅的，按匯總納稅的規定繳納稅款開具發票。分公司可以開發票。但必須取得營業執照以及國、地稅務登記證。分公司在進行了稅務登記後，可以向稅務局申領發票。
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法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法》第十九條銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應當向付款方開具發票;特殊情況下，由付款方向收款方開具發票。