營業稅或者增值稅等流轉稅種在當地繳納，但如果公司跨地區設立了總分機構，所得稅應當由總公司匯總計算，分公司按比例當地預交。
基於所得稅匯總繳納，肯定要匯總整個公司的報表，但是同時也要分開核算，能夠區分分公司的收入，工資，資產。
總公司收不收取管理費用僅是公司內部的利潤分配計算方式，因所得稅要匯總計算，不會對整個公司所得稅產生影響。
總公司收取管理費用的分錄建議做管理費用的內部沖銷，或者掛其他應收應付等往來科目，總公司最好不要確定收入，否則又要多交壹道流轉稅。
獨立核算的分公司如何納稅
(壹)分支機構資格界定
1、分公司是否界定為所得稅納稅人還是要根據三個方面來界定：
① 銀行開設結算賬戶
② 建立帳簿，編制財務會計報表獨立計算盈虧。以上就是獨立核算的要求，只要符合三個條件，稅務壹律按照獨立的企業所得稅納稅人來對待，不符合三個條件的分公司，才可以統壹核算。
③ 公司如果符合企業所得稅納稅人的三個條件，應該獨立在當地繳納企業所得稅，符合減免政策的，可按規定的程序辦理。
2、分公司壹般是非獨立核算的，所得稅要由總公司統壹繳納。
壹般是辦理了分公司手續後，總公司持總公司和分公司的稅務登記證件到總公司的主管稅務機關去開匯總納稅證明，將證明交分公司所在地主管稅務機關即可。
(二)獨立核算分公司的稅務處理
1、對於分公司等分支機構，只要符合獨立核算的條件，應單獨申報繳納企業所得稅，適用經營所在地的企業所得稅稅率。
2、計稅時，分公司和總公司應分別適用所在經營地的適用稅率。
3、分公司作為獨立納稅人，經營期間形成的年度虧損在確定總公司的年度應稅所得時不能抵減，其註銷前形成的累計經營虧損在總公司賬面反映為無法收回的其他應收款或應收賬款
4、總機構、分支機構不在同壹征收區域的商業企業，不論其何時開業，壹律按屬地原則征稅。跨征收區域的商品調撥，按《中華人民***和國增值稅暫行條例實施細則》第四條“視同銷售”處理。同壹征收區域內的總機構、分支機構可以匯總納稅，也可分別納稅。
(三)關於分公司的撤消
1、如果不是獨立核算的話，不用註銷，直接並入總公司，畢竟不獨立核算的，只有現金、銀行存款、票據的進出，涉及費用，不涉及成本、利潤。
2、獨立核算的，先提交國稅局審查增值稅及所得稅，繳銷發票，國稅局出具報告後，提交地稅局審查營業稅、附加稅、個稅，繳銷發票，地稅局出具報告，以上該補交稅金的補交，完成後，註銷開戶行，持這三項註銷存根聯去工商，進行工商註銷，上繳公章。以後就是公安上繳法人章、財務章，質量監督局註銷代碼證。
綜合上面所說的，有總公司才能有分公司的存在，壹般分公司的所有活動都必須要總公司批準才可以，因此，分公司可不可以獨立那麽就全看總公司是怎麽按排的，所以，壹個好的公司要看怎麽運營，這樣才能使壹個公司可以發展的更好。
分公司是指公司在其住所以外設立的從事經營活動的機構。分公司不具有企業法人資格。
分公司的登記事項包括：名稱、營業場所、負責人、經營範圍。
分公司的名稱應當符合國家有關規定。
分公司的經營範圍不得超出公司的經營範圍。
除稅收法律、行政法規另有規定外，居民企業以企業登記註冊地為納稅地點；但登記註冊地在境外的，以實際管理機構所在地為納稅地點。
居民企業在中國境內設立不具有法人資格的營業機構的，應當匯總計算並繳納企業所得稅。
獨立核算的分公司能簽合同嗎
可以簽訂合同的；我國相關法律規定，簽訂合同的主體可以是法人、公民和其他組織。其他組織是指合法成立，有壹定組織機構和財產，但又不具備法人資格的組織，其中包括法人依法設立領取營業執照的分支機構。這些分支機構和設立者之間存在著壹種通過設定劃分經營責任而形成的授權關系。分公司是依法登記成立的經濟組織，並在其核定的經營範圍內從事合法經營活動，它可以作為簽訂合同的主體，亦無須總公司授權。
法律依據
《中華人民***和國公司法》
第十四條分公司與子公司公司可以設立分公司。設立分公司，應當向公司登記機關申請登記，領取營業執照。分公司不具有法人資格，其民事責任由公司承擔。
公司可以設立子公司，子公司具有法人資格，依法獨立承擔民事責任。
第壹百六十四條公司應當在每壹會計年度終了時編制財務會計報告，並依法經會計師事務所審計。
財務會計報告應當依照法律、行政法規和國務院財政部門的規定制作。