分公司應當按照中華人民***和國增值稅暫行條例第二十二條規定，固定業戶應當向其機構所在地的主管稅務機關申報納稅。總機構和分支機構不在同壹縣（市）的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅；
經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。因此分公司若辦理了稅務登記，則其為獨立的增值稅納稅人，應單獨申報繳納增值稅。
若經國務院財政、稅務主管部門或者其授權的財政、稅務機關批準，未辦理稅務登記，則由總機構匯總繳納增值稅。
擴展資料：
條件
1、國務院確定的120家大型試點企業集團。
2、國務院批準執行試點企業集團政策和匯總納稅政策的企業集團。
3、《中華人民***和國企業所得稅暫行條例》及其實施細則規定的鐵路運營、民航運輸、郵政、電信企業和金融保險企業（含證券等非銀行金融機構）。
4、文化體制改革的試點企業集團。
5、匯總納稅企業重組改制後具集團性質的存續企業。
非獨立核算分支機構按照《中華人民***和國企業所得稅暫行條例》及其實施細則的有關規定，由核算地統壹納稅。對核算地發生爭議的，分情況處理：
1、總分機構均在壹省範圍內的，由省級稅務機關明確納稅申報所在地；
2、總分機構跨省市的，由國家稅務總局明確納稅申報所在地。
匯繳成員企業和單位在按規定向匯繳企業和單位匯總所得額(或虧損額)時，必須按稅法的有關規定向經營所在地主管稅務機關報告匯繳納稅情況，報送納稅申報表，並附財務、會計報表等有關資料。納稅申報表亦應同時逐級上報匯繳企業和單位，以便匯繳入庫地稅務機關備查。
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