辛亥革命後，福建效仿外省，設立福建巡撫公署，領導全省軍政。省設都督，由:軍衛(軍務司、參謀司)、民政總長(內務司、財政司、教育司、實業司)、司法總監(外事司、高等法院、高等檢察院)、福建海關監管、廈門海關監管組成。
2年(1913)加警部。
民國三年(1914)，總督改稱陸軍使，民政總長改為巡撫使。隨即，內務處改為政務處，財政司改為財務處，教育處改為教育處，工業處改為工業處，外事處改為特別談判員。
民國5年(1916)，軍護送改稱督軍，巡使改稱巡撫。隨後，又增加了省警察廳。福州軍事大使改為福州警備大使。
民國7年(1918)，增設廈門警備使、張婷警備使。
民國12年(1923)，督軍改名為督軍，並增設軍務助理員、張夏軍使、建安軍使、閩北軍使。
民國14年(1925年)改稱巡撫為督軍，並增設阜寧、興泉警備，閩北警備改為閩北警備，張婷警備改為汀行警備。
(二)國民政府時期
15年(1926)，北伐軍占領福州，結束了北洋軍閥在福建的統治。同年2月25日，12，福建省政務委員會成立，張震任主席。同時，福建省財政委員會成立，北伐軍政治部主任何玉樞兼任。
16 (1927)年6月3日，福建臨時政治會議成立，為省內最高權力機構，軍政財權均由會議決議執行。1年7月，福建省第壹屆國民政府成立，設政府主席和政府成員。政府機構包括民政部門、財政部門、建築部門、教育部門、軍事部門、農業和工業部門、酒精和煙草事務局、禁煙局和印花稅署。
17年(1928)取消軍部、農工部、禁煙局、煙酒事務局、印花稅署。
21 (1932)二月加秘書處。
民國二十三年(1934)，“閩邊革命”失敗後，福建省政府改組，增設保衛部。
福建蘇區淪陷後，增設自審法庭，隸屬福建省高院。
此後，省政府多次調整機構。至民國三十八年(1949)八月，土地局、衛生廳、書刊檢查署、郵局、會計署(含統計處、會計處)、糧食局、漁政署、地稅糧政署、社署、農改署、水利局、警備署、縣令考試委員會、訓練團等相繼成立。
③臺灣省當局時期。
“退”到臺灣省後，臺灣當局福建省政府的內設機構是第壹組、第二組、第三組，還有人事處、財務室、政治處。
第壹組:
監督縣民政、勞動行政、土地行政、軍事行政、警務行政、消防、文教、醫療衛生、環境保護、社會福利、人民團體、民俗古跡、福建僑務、新聞等工作。
第二組:
監督縣財政、稅務、經濟建設、工商、交通、觀光、水利、農林漁牧、工務、國房、都市規劃、研究審查、考核控管、各種會議記錄。
第三組:
1，總務綜合事務，信息管理，文檔檔案管理，總務，出納事務；
2、不屬於其他組的事項。
人事室:
1，人事管理事項；
2.省級政府組織與人力資源開發管理。
會計室:
1，年度業務；
2.會計業務；
3、統計和會計人員業務。
政風室:
1，政治人員任免和考核；
2.政治作風和法紀宣傳教育；
3.反腐敗與行政創新；
4.保守官方機密和安全措施；
5.糾正違規行為，協助處理陳清的請願。