輔導期壹般納稅人取得的專用發票抵扣聯以及海關進口增值稅專用繳款書、廢舊物資普通發票和貨物運輸發票，要在收票當月及時到稅務機關認證以及錄成清單（磁盤）交主管稅務機關，並將上述數據填寫在增值稅納稅申報表附列資料（表二）中“待抵扣進項稅額”相關欄次內。
輔導期壹般納稅人在接到主管稅務機關稽核比對結果的當月，按以下要求填寫《增值稅納稅申報表附列資料（表二）》，並於次月納稅申報期前申報抵扣；
1.第3欄填寫稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單註明的稽核相符專用發累、協查結果中允許抵扣的專用發票的份數、金額、稅額。
2.第5欄填寫稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單註明的稽核相符海關完稅憑證、協查結果中允許抵扣的海關完稅憑證的份數、金額、稅額。
3.第7欄填寫稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單註明的稽核相符廢舊物資普通發票、協查結果中允許抵扣的廢舊物資普通發票的份數、金額、稅額。
4.第8欄填寫稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單註明的稽核相符貨物運輸發票、協查結果中允許抵扣的貨物運輸發票的份數、金額、稅額。
5.第9欄和第10欄分別填寫稅務機關告知的稽核比對結果通知書及其明細清單註明稽核相符的稅務局代開6％、4％征收率增值稅專用發票、協查結果中允許抵扣的稅務局代開6％、4％征收率增值稅專用發票的份數、金額、稅額。
6.第23欄填寫認證相符但未收到稽核比對結果的防偽稅控增值稅專用發票月初余額數。
7.第24欄填寫本月己認證相符但未收到稽核比對結果的防偽稅控增值稅專用發票數據。
8.第25欄填寫已認證相符但未收到稽核比對結果的防偽稅控增值稅專用發票月末余額數。
9.第28欄填寫本月未收到稽核比對結果的海關完稅憑證數據。
10.第30欄填寫本月未收到稽核比對結果的廢舊物資普通發票數據。
11.第31欄填寫本月未收到稽核比對結果的貨物運輸發票數據。
12.第32欄填寫本月來收到稽核比對結果的稅務局代開6的增值稅專用發票數據。
13.第33欄填寫本月未收到稽核比對結果的稅務局代開4的增值稅專用發票數據。