(1)辦公室。
負責政務和事務。制定本機關的規章制度，檢查和監督重要事項的實施。承擔局機關的文秘、信訪、檔案、安全和保密工作。負責財務、基建、後勤等工作。
(2)人事外事辦公室。
負責局機關及直屬事業單位的組織管理、人事勞動、幹部教育、考核、任免、調配、評聘專業技術人員。承擔全省宗教工作隊伍和相關人員的培訓工作。承擔宗教外事管理職責。負責辦理局機關及直屬事業單位的外匯工作。審查和處理市州宗教事務部門、宗教團體和宗教院校之間的對外交往。負責朝覲領導幹部的選拔和相關審批手續的辦理。負責老幹部工作。
(3)政策法規司。
研究宗教理論和政策，提出意見和建議。研究制定部門規範性文件。推動有關宗教法律法規和政策的宣傳、教育和貫徹落實。調查研究全省重大宗教問題。承擔宗教出版物的審查工作。編輯和報告政府信息。
(4)營業所。
承擔佛教、道教事務的管理職責。對有關重大問題進行調查研究，提出政策意見和建議。指導省佛教協會、省道教協會、省佛學院依法開展工作；聯系佛道代表。培訓和教育佛教和道教教職員工。協助有關部門處理藏區重大宗教問題。負責佛教、道教宗教團體使用的宗教出版物的審批和管理。
(5)業務二司。
負責管理天主教和基督教事務。對有關重大問題進行調查研究，提出意見和建議。指導省天主教愛國會、省天主教教務委員會、省基督教三自愛國運動委員會、省基督教協會依法依規開展工作，聯系天主教和基督教的代表。堅持教會獨立自主自辦的原則，培養教育天主教和基督教教職員工。負責天主教、基督教宗教團體使用的宗教出版物的審批和管理。
(6)業務三科(朝覲工作辦公室)。
負責管理伊斯蘭事務。對有關重大問題進行調查研究，提出政策意見和建議。指導省伊斯蘭教協會、蘭州伊斯蘭經學會依法依規開展工作，聯系伊斯蘭教界代表。協助有關部門處理與穆斯林聚居區有關的重大問題。培訓和教育伊斯蘭神職人員。負責伊斯蘭宗教團體內部使用的宗教出版物的審批和管理。落實朝覲政策，承擔全省穆斯林朝覲管理和審批工作，規範零散朝覲活動。
政府機關黨委負責政府機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢監察機構按照有關規定設置。