涉稅風險主要有兩個來源：首先，企業自身多繳稅、早繳稅的風險；其次，稅務機關等執法部門對企業少繳稅、晚繳稅處罰的風險。高新技術企業的稅收優惠是產生涉稅風險的最主要原因。壹些高新技術企業在享受國家優惠政策的同時，對相關優惠政策和明細管理辦法的把握不當，從而產生了壹系列的涉稅風險。
（壹）收入、成本、費用的處理不規範，存在涉稅風險
會計核算不規範，未單獨設立“研發支出”賬戶。高新技術企業的研究開發費用應通過“研發支出”科目單獨核算，並通過“研究支出”與“開發支出”二級科目分別核算應予費用化或資本化的研發費用。如果企業通過“管理費用”科目或下設“研發支出”二級科目核算，就不能準確劃分資本化與費用化支出的金額，按《扣除管理辦法》規定第十條規定，如不設立專賬管理費用，費用歸集不準確，將無法享受研發費用加計扣除的所得稅優惠，存在壹定涉稅風險。
高薪技術產品（服務）銷售收入未單獨核算。高新技術企業要求對高新技術產品的銷售收入單獨核算，如果與其他非高新技術產品銷售收入不能分開，將影響高新資格認定及復審，存在涉稅風險。
研發費用未按項目準確歸集。高新技術企業存在多個研發項目的情況下，如果把其他項目的費用分配給創新性項目，這樣就導致了高新技術企業的創新項目研發費用增加，從而增加了加計扣除的基數，產生了涉稅風險。
研發支出資本化不及時。高新技術產品研發支出中符合資本化的部分，按規定應及時進行資本化核算，轉入無形資產分期攤銷。如果直接計入當期費用，將增加營業成本，少計利潤，存在少繳稅款的風險。
（二）在復核和復審過程中，過分追求認定指標影響會計確認，存在涉稅風險
對研發人員的確認不清晰。高新技術企業認定條件之壹：具有大學專科以上學歷的科技人員占企業當年職工總數的30%以上，其中研發人員占企業當年職工總數的10%以上。如果企業在外地設立分支機構，或者雇用外地科技專業人員等搞研發項目，而忽視對其管理，造成學歷證明、用工保險、工資薪金等證明材料不完善，科研人員確認不清晰，將對高新技術企業認定和復審帶來不利影響，存在壹定涉稅風險；研發費用占管理費用比重不合理。高新技術企業認定條件之二：企業持續進行研發活動，且近三個會計年度的研發費用總額占銷售收入總額的比例符合壹定要求，根據銷售收入額度確定所占比例，銷售收入越高比例越低。部分企業為了滿足認定條件，而將非高新技術產品發生的成本費用盡可能掛靠研發費用，以擴大研發費用的歸集範圍，影響期間費用的歸集，存在涉稅風險；高新技術產品銷售收入確認不規範。高新技術企業認定條件之三：認定年份的高新技術產品（服務）收入及其技術性收入的總和占企業當年總收入的60%以上。部分企業為了爭取客戶信任贏得市場，誇大營業規模，虛報高新技術產品（服務）收入，存在涉稅風險。
（三）忽視高新技術企業所得稅優惠備案，存在涉稅風險
高新技術企業認定後，企業在享受所得稅優惠政策前，必須進行所得稅優惠備案，填寫研發費用支出明細等資料。如果企業認定後忽視備案工作，則存在不能享受所得稅優惠政策的風險。
（四）高新技術企業資格復審不通過，存在涉稅風險
企業獲得高新技術企業資格證書後，每隔三年要接受復審，按復審要求提供資料。如果提供的資料不符合高新技術企業復審條件，則高新技術企業資格證書將被取消，存在補繳稅款的風險。