壹、個人獨資合夥企業的處理：根據《財政部、國家稅務總局關於印發〈關於個人獨資企業和合夥企業投資者征收個人所得稅的規定〉的通知》(財稅〔2000〕91號)第十六條規定，企業進行清算時，投資者應當在註銷工商登記之前，向主管稅務機關結清有關稅務事宜。企業的清算所得應當視為年度生產經營所得，由投資者依法繳納個人所得稅。上述清算所得，是指企業清算時的全部資產或者財產的公允價值扣除各項清算費用、損失、負債、以前年度留存的利潤後，超過實繳資本的部分，也就是企業註銷後有余額的情況。在這種情況下，對於個人從個人獨資企業所取得的利潤就需要繳納個人所得稅。
二、不是個人獨資企業或者個人合夥企業的處理根據《財政部、國家稅務總局關於企業清算業務企業所得稅處理若幹問題的通知》(財稅〔2009〕60號)第四條規定，企業的全部資產可變現價值或交易價格，減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等後的余額，為清算所得。企業應將整個清算期作為壹個獨立的納稅年度計算清算所得。同時，對於個人投資者從企業清算所得中所分配的累計未分配利潤，實質為個人從公司取得的紅利性質收入，需要按股息紅利繳納個人所得稅。《個人所得稅法實施條例》第八條規定，稅法第二條所說的各項個人所得的範圍：(七)利息、股息、紅利所得，是指個人擁有債權、股權而取得的利息、股息、紅利所得。 三.《關於印發的通知》（財稅〔2000〕91號）附件1：關於個人獨資企業和合夥企業投資者征收個人所得稅的規定：
第三條 個人獨資企業以投資者為納稅義務人，合夥企業以每壹個合夥人為納稅義務人（以下簡稱投資者）。
第四條 個人獨資企業和合夥企業（以下簡稱企業）每壹納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失後的余額，作為投資者個人的生產經營所得，比照個人所得稅法的“個體工商戶的生產經營所得”應稅項目，適用5%～35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。