第壹，所得稅繳納不同。個人獨資企業只需要繳納企業所得稅；除了企業所得稅，有限公司的股東還需要繳納個人所得稅。
第二，建帳要求不同。
個人獨資企業需要建立收支憑證粘貼簿，銷售登記簿，完整保存相關納稅信息。
有限公司必須建立財務制度，進行會計核算。
第三，支付方式不同。
個人獨資企業投資者應繳納的個人所得稅，按年計算，按月或者按季分期預繳，投資者在每月或者季度終了後7日內預繳，年度終了後3個月內匯算清繳，多繳少繳。
有限公司的所得稅應當按月或者按季預繳。企業應當在月份或者季度結束後15日內，向稅務機關報送預繳企業所得稅納稅申報表，不分損益，預繳稅款。
擴展數據:
企業所得稅規定，納稅人的應納稅所得額以權責發生制計算。同時，關於分期付款銷售貨物、長期工程(勞務)合同和其他業務經營的規定，可以通過以下方法確定:
1，分期收款銷售商品的，可以按照合同約定的購買應付價款的日期確定銷售收入的實現；
2、建築。安裝、裝配工程和提供勞務持續時間超過1年的，可以根據完工進度或者完成的工作量確定收入的實現；
2.如大型機械設備、船舶等的加工制造。對於持續時間超過12個月的其他企業，可以根據完工進度或完成的工作量確定收入的實現。
百度百科-個人獨資企業和合夥企業投資者個人所得稅規定
百度百科-企業所得稅