企業進行清算時，投資者應當在註銷工商登記之前，向主管稅務機關結清有關稅務事宜。企業的清算所得應當視為年度生產經營所得，由投資者依法繳納個人所得稅。
清算所得，是指企業清算時的全部資產或者財產的公允價值扣除各項清算費用、損失、負債、以前年度留存的利潤後，超過實繳資本的部分。
個人獨資企業稅務清算
(壹)清算人的產生
清算人是指清算企業中執行清算事務及對外代表者。清算企業因解散而喪失經營活動的能力，不能繼續進行經營活動，而只存在清算事務。因此，企業的管理人應代之為清算人。個人獨資企業法第27條規定，個人獨資企業解散，由投資人自行清算或者由債權人申請人民法院指定清算人進行清算。因此，個人獨資企業的清算原則上以投資人為其清算人。但經債權人申請，人民法院得指定投資人以外的人為清算人。
(二)通知與公告程序
投資人自行清算的，應當在清算前15日內書面通知債權人，無法通知的，應當予以公告。債權人應當在接到通知之日起30日內，未接到通知的應當在公告之日起60日內，向投資人申報其債權。
(三)清產償債程序
清算人應在債權人申報債權後清理企業的債權、債務。在清算期間，個人獨資企業不得開展與清算目的無關的經營活動。在清償債務前，投資人不得轉移、隱匿財產。個人獨資企業及其投資人在清算前或清算期間隱匿或轉移財產、逃避債務的，依法追回其財產，並按照有關規定予以處罰;構成犯罪的，追究其刑事責任。
(四)財產清償順序
個人獨資企業解散的，財產應當按照下列順序清償：
1.所欠職工工資和社會保險費用;
2.所欠稅款;
3.其他債務。
個人獨資企業財產不足以清償債務的，投資人應當以其個人的其他財產予以清償。
(五)責任消滅制度
個人獨資企業解散後，原投資人對個人獨資企業存續期間的債務仍應承擔償還責任，但債權人自獨資企業解散後5年內未向債務人提出償債請求的，該責任消滅。
(六)註銷登記程序
根據個人獨資企業法第32條的規定，個人獨資企業清算結束後，投資人或者人民法院指定的清算人應當編制清算報告，並於15日內到登記機關辦理註銷登記。註銷登記壹旦完成，個人獨資企業即告消滅。