壹、首先，辦理納稅人攜帶註銷稅務登記資料到當地的辦稅服務廳提交註銷申請，領取填寫《清稅申報表》，若是在當地有繳納企業所得稅的納稅人還須填制《中華人民***和國企業清算所得稅申報表》(以及附表)。
該部門人員核對各項資料之後將其推送到相關的註銷檢查的相關職能部門，同時將該納稅人的清稅申請信息提交給主管的地方稅務局。
二、其次，稅務檢查部門在確定申請納稅人沒有重大的違法行為之後，將檢查報告發回給辦稅服務廳。辦稅服務廳將國稅部門的檢查結果錄入稅收征管系統，之後傳遞到主管的地稅局，並且通知該申請的納稅人將存在的應納稅款、多退(免)稅款和滯納金、罰款等款項全部結清。
納稅人攜帶發票領購簿、未開具的空白發票與稅控設備到辦稅服務廳，窗口工作人員把已經開具的發票驗舊、沒有開具的發票繳銷、收回發票的領購簿和稅控設備，來確保票款兩清無遺漏。
三、最後，部門稅務人員按照國稅、地稅的清稅結果，確認納稅人已結清所有稅務事項之後，把納稅人在稅收征管系統內的信息做註銷處理，並且向納稅人出具《清稅證明》，此證明為壹式三份，納稅人壹份，其可以憑《清稅證明》去辦理工商登記註銷。
稅務機關將同時將清稅信息推送到工商、質檢、國稅喝地稅等相關部門的信息***享交換平臺中。
擴展資料：
三證合壹後註銷稅務登記辦理需要的材料
1、註銷稅務登記申請表(壹式壹份);清稅申報表(壹式三份，稅務機關二份，納稅人壹份)(已經領取“壹照壹碼”新版營業執照的納稅人提供)。
2、董事會(職代會)或主管部門的決議以及其他有關證明文件的原件及復印件。
3、營業執照被吊銷的需要提交工商部門發放的吊銷決定的復印件以及原件，破產企業需要提供企業破產清算裁定書。
4、稅務機關原核發的國稅稅務登記證(正、副本)。 (已經領取“壹照壹碼”新版營業執照的納稅人除外) (已發放電子稅務證照的不需提供)(如證件丟失，可以憑納稅人的丟失聲明去辦理) (已經領取“壹照壹碼”新版營業執照的納稅人除外 )。
5、增值稅壹般納稅人提供防偽稅控系統金稅卡、IC 卡或金稅盤、報稅盤。壹般納稅人還應提供稅控盤、報稅盤。(增值稅壹般納稅人需提供)。
6、企業清算所得稅申報表及附表。
納稅人申請辦理註銷登記前，須對下列註意事項進行清理
1、清理發票
(1)納稅人攜帶《發票領購簿》和未使用完畢的空白發票，連同填妥的《發票繳銷登記表》，辦理繳銷發票手續。
(2)對各類需要驗舊供新的發票，企望港納稅人必須攜帶驗舊發票進行驗舊。
2、最後壹期稅款申報和清理期稅：獨立核算的納稅人要在清理發票後需及時申報與清繳應納的稅款、罰款、滯納金和欠稅。
3、其他清理事項。
相關註意事項
稅務簡易註銷是指已實行“三證合-”、”壹 照壹 碼” 登記模式的企業在辦理清稅申報時，如風險等級低，可當場辦結，省去了原先的調查巡查環節。
稅務機關應當分類處理納稅人清稅申報，擴大即時辦結範根據企業經營規模、稅款征收方式、納稅信用等級指標進行風險分析，對風險等級低的當場辦結清稅手續。
稅總函[2015] 482號對企業的清稅申報(原稅務註銷登記)有關工作流程做了簡化。? 稅務方面，改革後”三證合壹”企業的稅務註銷消失，取而代之的是清稅申報，作為工商註銷的前置程序，它擔負的是結清企業稅務事項，出具清稅證明。
”三證合壹 ”企業當場辦結的清稅申報只適用於特定企業。稅務方面針對的是已實行”三證合壹”、"壹照-碼”登記模式且風險等級低的企業。
三證合壹後，對於稅務機關認定存在涉稅疑點的企業，申報清稅可委托具備資格的稅務師事務所對其生產經營期間的納稅情況進行審查鑒證，並出具《企業註銷清稅鑒證報告》，企業辦理註銷清稅申請時，附送稅務中介機構涉稅鑒證報告。?
並以此作為企業結清應納稅款、多退(免)稅款、 滯納金和罰款的依據，用以取得稅務機關向納稅人出具《清稅證明》。
登記稅款清算鑒證報告，是對企業註銷稅務登記時涉及的企業歷年度各稅種進行稅款清算審核鑒證，目的是證明企業在辦理註銷稅務登記時其所涉及到的稅款是否已經全部繳訖。
在辦理註銷清稅申請時，應提交《企業註銷稅務登記鑒證報告》，即應委托稅務師事務所對本單位近3年國、地兩稅征管的各項稅費進行全部審核，並出具鑒證報告。
在辦理企業註銷稅務登記時，對於能夠提供具備資格的稅務師事務所出具的《企業註銷稅務登記稅款清算鑒證報告》的，且報告內容顯示納稅人近3年(稅務登記時間未滿3年的，從登記之日起計算)無少繳稅款；
或雖有少繳稅款但納稅人已依法足額補繳稅款的，主管稅務機關不再進行稅款清算檢查(或評估)，由受理部門]審核後直接核準註銷登記(正在查處的涉稅違法違章案件的納稅人除外)。
國家稅務總局-關於落實“三證合壹”登記制度改革的通知