(1)如果選擇“通過扣繳義務人申報”，單位可以使用扣繳軟件獲取納稅人填寫的專項附加扣除信息，按月計算扣繳稅款，然後向稅務機關申請全額納稅申報。這樣，納稅人就可以在代扣代繳期間享受抵扣。納稅人未及時報送的，也可以在隨後的月份進行補報，單位在當年剩余月份發放工資時進行補扣，不影響納稅人專項附加扣除。
(2)選擇“綜合所得年度申報”的，納稅人直接向稅務機關報送信息，扣繳單位無法獲取納稅人的專項附加扣除信息。這樣，納稅人只有在年度匯算清繳時才能享受抵扣和辦理退稅。
法律依據:《中華人民共和國個人所得稅法》。
第九條個人所得稅由納稅人繳納，支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。納稅人有中國公民身份號碼的，以中國公民身份號碼為納稅人識別號；納稅人沒有中國公民身份號碼的，由稅務機關發給納稅人識別號。扣繳義務人扣繳稅款時，納稅人應當向扣繳義務人提供納稅人識別號。
第十三條納稅人取得應稅所得，沒有扣繳義務人的，應當自取得所得的次月十五日內，向稅務機關申報納稅。納稅人取得應納稅所得額，扣繳義務人未扣繳稅款的，納稅人應當在取得所得的次年6月30日前繳納稅款；稅務機關通知納稅人限期繳納的，納稅人應當限期繳納。居民個人從中國境外取得所得，應當於次年3月1日至6月30日申報納稅。非居民個人在中國境內兩處以上取得工資、薪金所得，應當於次月15日內申報納稅。納稅人因移居國外註銷境內戶口的，應當在註銷境內戶口前辦理納稅清算。
第十四條扣繳義務人每月或者每次扣繳的稅款，應當在次月15日內上繳國庫，並向稅務機關報送扣繳個人所得稅申報表。納稅人辦理退稅或者扣繳義務人為納稅人辦理退稅的，稅務機關經審核後，應當按照國庫管理的有關規定辦理退稅。