（1）由單位按月發工資預扣稅款時辦理。除大病醫療以外，對其他五項扣除，您可以選擇在單位發放工資薪金時，按月享受專項附加扣除政策。
首次享受時，需要填寫《個人所得稅專項附加扣除信息表》並報送給任職受雇單位，單位在每個月發放工資時，像“三險壹金”壹樣，為您辦理專項附加扣除。
（2）自行在年度綜合所得匯算清繳申報時辦理。壹般來講，有以下情形之壹的，您可以選擇在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時進行專項附加扣除；稅款多退少補；個人所得稅專項附加扣除信息隨納稅申報表壹並報送：①不願意通過單位辦理扣除，未將相關專項附加扣除信息報送給任職受雇單位的；②沒有工資、薪金所得，但有勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得的；③有大病醫療支出項目的；④納稅年度內未享受或未足額享受專項附加扣除等情形。
如果同時有兩個以上發工資的單位，那麽對同壹個專項附加扣除項目，在壹個納稅年度內，您只能選擇從其中的壹個單位辦理扣除。
法律依據：《國務院關於印發個人所得稅專項附加扣除暫行辦法的通知》第二十五條：納稅人首次享受專項附加扣除，應當將專項附加扣除相關信息提交扣繳義務人或者稅務機關；扣繳義務人應當及時將相關信息報送稅務機關，納稅人對所提交信息的真實性、準確性、完整性負責。專項附加扣除信息發生變化的，納稅人應當及時向扣繳義務人或者稅務機關提供相關信息。
前款所稱專項附加扣除相關信息，包括納稅人本人、配偶、子女、被贍養人等個人身份信息，以及國務院稅務主管部門規定的其他與專項附加扣除相關的信息。本辦法規定納稅人需要留存備查的相關資料應當留存五年。