可以有關系，目前年終獎的個稅扣除方法是可以選擇以下2種方式：
1、如果選擇單獨按年終獎扣除，則和個人所得稅附加扣除沒關系；
2、如果個人所得稅和綜合所得合並計算，那麽和專項附加扣除就有關系了。
擴展資料：
影響個人所得稅專項附加扣除的因素有：
1、子女教育
納稅人的子女接受全日制學歷教育的相關支出，按照每個子女每月1000元的標準定額扣除。
2、繼續教育
納稅人在中國境內接受學歷（學位）繼續教育的支出，在學歷（學位）教育期間按照每月400元定額扣除。同壹學歷（學位）繼續教育的扣除期限不能超過48個月。納稅人接受技能人員職業資格繼續教育、專業技術人員職業資格繼續教育的支出，在取得相關證書的當年，按照3600元定額扣除。
3、大病醫療
在壹個納稅年度內，納稅人發生的與基本醫保相關的醫藥費用支出，扣除醫保報銷後個人負擔（指醫保目錄範圍內的自付部分）累計超過15000元的部分，由納稅人在辦理年度匯算清繳時，在80000元限額內據實扣除。
4、住房貸款利息
納稅人本人或者配偶單獨或者***同使用商業銀行或者住房公積金個人住房貸款為本人或者其配偶購買中國境內住房，發生的首套住房貸款利息支出，在實際發生貸款利息的年度，按照每月1000元的標準定額扣除，扣除期限最長不超過240個月。納稅人只能享受壹次首套住房貸款的利息扣除。