個人所得稅專項附加扣除是在年度納稅申報時進行申報的。納稅人可以在每年的3月1日至6月30日之間進行年度匯算清繳，申報個人所得稅並享受專項附加扣除。在這個時間段內，納稅人需要填寫《個人所得稅匯算清繳申報表》，並在申報表中詳細列明享受的專項附加扣除項目及金額。稅務機關會根據申報表的內容進行審核，並最終確定納稅人的應納稅額或退稅額。
個人所得稅的起征點：
5000元以內，不需要納稅。5000-8000之間的部分，需要納稅3％的金額。8000-17000之間的部分，需要納稅10％的金額。17000-30000之間的部分，需要納稅20％的金額。30000-40000之間的部分，需要納稅25％的金額。
綜上所述，個人所得稅專項附加扣除是指納稅人在計算應納稅所得額時，可以按照國家規定的標準，從工資、薪金所得中扣除的子女教育、繼續教育、大病醫療等方面的支出。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第五十壹條
納稅人超過應納稅額繳納的稅款，稅務機關發現後應當立即退還；納稅人自結算繳納稅款之日起三年內發現的，可以向稅務機關要求退還多繳的稅款並加算銀行同期存款利息，稅務機關及時查實後應當立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規有關國庫管理的規定退還。