稅務局會通知該企業配合調查，提供相應的員工的社保，工資計提、申報、發放明細，企業賬本等，如果調查的結果顯示，該企業申報的收入的金額無誤，則調查終止。
如果調查結果顯示申報錯誤，有多申報，虛假申報的情況，則需要補交企業所得稅和滯納金。
個人所得稅是調整征稅機關與自然人之間，在個人所得稅的征納與管理過程中所發生的社會關系的法律規範的總稱。個人所得稅是國家對本國公民、居住在本國境內的個人的所得和境外個人來源於本國的所得征收的壹種所得稅。
個體工商戶的生產、經營所得包括四個方面：
1、經工商行政管理部門批準開業並領取營業執照的城鄉個體工商戶，從事工業、手工業、建築業、交通運輸業、商業、飲食業、服務業、修理業及其他行業的生產、經營取得的所得。
2、個人經政府有關部門批準，取得營業執照，從事辦學、醫療、咨詢以及其他有償服務活動取得的所得。
3、其他個人從事個體工商業生產、經營取得的所得，既個人臨時從事生產、經營活動取得的所得。
4、上述個體工商戶和個人取得的生產、經營有關的各項應稅所得。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法》
第六十條
納稅人有下列行為之壹的，由稅務機關責令限期改正，可以處二千元以下的罰款；情節嚴重的，處二千元以上壹萬元以下的罰款:
(壹)未按照規定的期限申報辦理稅務登記、變更或者註銷登記的；
(二)未按照規定設置、保管帳簿或者保管記帳憑證和有關資料的；
(三)未按照規定將財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件報送稅務機關備查的；
(四)未按照規定將其全部銀行帳號向稅務機關報告的；
(五)未按照規定安裝、使用稅控裝置，或者損毀或者擅自改動稅控裝置的。
納稅人不辦理稅務登記的，由稅務機關責令限期改正；逾期不改正的，經稅務機關提請，由工商行政管理機關吊銷其營業執照。
納稅人未按照規定使用稅務登記證件，或者轉借、塗改、損毀、買賣、偽造稅務登記證件的，處二千元以上壹萬元以下的罰款；情節嚴重的，處壹萬元以上五萬元以下的罰款。