《企業所得稅暫行條例》(國務院令[1993]第137號)第六條規定，納稅人的工會經費、職工福利基金、職工教育經費分別按照應納稅工資總額的2%、14%、1.5%扣除。《工會法》第四十二條規定，工會經費的來源包括: (壹)工會會員繳納的會費；(二)建立工會組織的企業、事業單位和機關每月按全部職工工資總額的2%向工會撥交的經費；(三)工會所屬企業、事業單位支付的收入；(四)人民政府的補貼；(五)其他收入。前款第二項規定的企業、事業單位撥付的資金，應當在稅前列支。從上面可以看出，稅法和工會法對納稅人工會經費的稅前扣除有不同的規定。《企業所得稅暫行條例》規定按照應納稅工資總額的2%計算扣除，工會法規定按照工資總額的2%扣除。那麽，應該應用哪個文檔呢？《立法法》第七十九條第壹款規定，法律效力高於行政法規、地方性法規和規章。《工會法》是全國人大常委會通過的法律，《企業所得稅暫行條例》是國務院制定的行政法規。前者是上位法，後者是下位法。因此，當兩者發生沖突時，應適用上位法，即在稅前扣除工資總額的2%。
對此，2005年6月5438+10月21日，中華全國總工會、國家稅務總局聯合下發《關於進壹步加強工會經費稅前扣除管理的通知》(總工程師發〔2005〕9號)，進壹步明確了工會經費稅前扣除:依法建立工會組織的企業、事業單位和其他組織，每月按全部職工工資總額的2%向工會繳納。工資總額按國家統計局《關於工資總額構成的規定》(1990號令)頒布的標準執行，工資總額構成內的各類獎金、津貼、補貼均計入工資總額。需要註意的是:1。納稅人未建立工會組織的，其工會經費不得在稅前扣除。2.根據《國家稅務總局關於工會經費稅前扣除問題的通知》(國〔2000〕678號)，納稅人不能開具撥繳工會經費專用收據的，提取的工會經費不得在企業所得稅前扣除。3.納稅人計提的工會經費超過工資總額2%的，超過部分應增加應納稅所得額。
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