個人所得稅的申訴壹旦被稅務機關或扣繳單位受理，就無法撤銷，稅務機關會對被申訴的企業進行核查。這意味著，如果員工對公司在個稅扣繳方面有異議並提出申訴，公司需要配合稅務機關的調查。在這個過程中，稅務機關將核實公司是否按照相關稅法規定正確計算並繳納了個人所得稅。因此，公司在處理個稅事務時應確保遵守稅法規定，以免因不當扣繳而面臨員工的申訴和稅務機關的核查。
個稅的征收管理：
1、征收機關：由稅務機關負責個人所得稅的征收與管理；
2、納稅義務人：指依法需要繳納個人所得稅的自然人；
3、申報方式：包括自行申報和單位代扣代繳兩種方式；
4、稅率和起征點：個人所得稅根據不同的所得項目采用不同的稅率，同時設有起征點以減輕低收入者稅負；
5、稅收優惠：政府針對特定人群或行業提供稅收減免等優惠政策；
6、稅收違法行為處理：對逃稅、漏稅等違法行為，稅務機關將依法進行處罰。
綜上所述，公司在個人所得稅扣繳事務中必須嚴格遵守稅法規定，因為員工的申訴壹旦被受理，將觸發不可撤銷的稅務核查流程，不僅考驗公司的稅務合規性，還可能因處理不當而面臨員工投訴和稅務機關的進壹步調查，從而帶來潛在的風險和不利後果。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》
第八條
有下列情形之壹的，稅務機關有權按照合理方法進行納稅調整：（壹）個人與其關聯方之間的業務往來不符合獨立交易原則而減少本人或者其關聯方應納稅額，且無正當理由；（二）居民個人控制的，或者居民個人和居民企業***同控制的設立在實際稅負明顯偏低的國家（地區）的企業，無合理經營需要，對應當歸屬於居民個人的利潤不作分配或者減少分配；（三）個人實施其他不具有合理商業目的的安排而獲取不當稅收利益。稅務機關依照前款規定作出納稅調整，需要補征稅款的，應當補征稅款，並依法加收利息。