個體經營戶三方協議的簽署方式如下:
1.獲取協議，填寫字號、識別號、銀行號並加蓋印章；
2.將協議送稅務機關編號，填寫納稅人信息、機構代碼、負責人簽字、稅務局蓋章；
3.將協議發送到銀行。銀行簽字蓋章後，將信息錄入系統並返還給約定的企業和稅務聯合，同時開具信息錄入回執；
4.將銀行返回的三方協議稅務收據提交到辦稅大廳，大廳工作人員會與銀行核實。成功後，三方協議的所有手續都將完成。
二、分析細節
三方就業協議由教育部統壹印制，主要是明確三方的基本情況和要求。三方就業協議依據的是國家關於高校畢業生就業的法律法規。有效期從簽訂之日起至畢業生到用人單位報到時止，勞動合同受勞動法和合同法的限制和保護。有些用人單位，比如很多外企，在確認錄用時，要求畢業生簽訂類似勞動合同的協議。更多的用人單位要求先簽訂就業意向書，畢業生報到後再簽訂勞動合同。
三、個體工商戶必須開三方協議嗎？
不壹定要簽署三方協議。現在大學生畢業前往往會去壹些企業實習，然後學校會要求實習簽訂三方協議。壹般來說，三方協議是統計高校畢業生就業率的重要依據。三方主體包括畢業生、用人單位和高等院校。三方協議中，畢業生的義務是如實向用人單位介紹自己，按時向用人單位報到。用人單位的義務是向畢業生如實介紹自己，並負責為畢業生辦理相關手續。學校的義務是負責完成相關派遣工作。學校不能強迫畢業生簽訂三方協議。按規定，畢業前沒有落實工作單位的，不需要簽三方協議。如果學校拒絕在沒有簽署三方協議的情況下發放畢業證或報到證，畢業生可以向當地教育部門投訴。