工程營業稅的稅率是5.39%。由以下幾種合計：
1、營業稅：按工程結算款計算繳納營業稅，稅率3%。
2、個人所得稅：按工程結算款計算繳納個人所得稅，稅率1%
3、城建稅：按營業稅計算繳納城建稅，城建稅稅率：納稅人所在地在市區的，稅率為7%；納稅人所在地在縣城、鎮的，稅率為5%；納稅人所在地不在市區、縣城、鎮的，稅率為1%。
4、教育費附加：按營業稅計算繳納，稅率3%。
5、印花稅：按建築安裝工程承包合同金額的0.3%0計算繳納。
擴展資料
根據《營業稅暫行條例》的規定，建築業的總承包人將工程分包給他人，以工程的全部承包額減去付給分包人價款後的余額為營業額。
也就是說，存在工程分包的情況下，總承包單位應以全部承包額成去付給分包方價款後的余額計算繳納營業稅，分包人應該就其完成的分包額承擔相應的納稅義務。
同時，按照規定，總承包人屬於法定的代扣代繳納稅義務人，在與分包方辦理已完工程價款結算時，還應以與分包方結算的工程價款為依據計算並代扣代繳其營業稅。
總承包人代扣代繳分包人營業稅後，應按規定對分包人開具《中華人民***和國代扣代收稅款憑證》，分包人以此作為其完稅憑證。
跨省工程的分包，由扣繳人在扣繳人的機構所在地代扣代繳；如果分包人將工程再壹次分包出去，有壹段工程仍是跨省工程，該段跨省工程的營業稅亦由總承包人在其機構所在地代扣代繳。
百度百科-中華人民***和國營業稅暫行條例