1，不同功能:
財務負責人是全面負責公司財務管理、核算和監督的人員。負責對會計和其他相關財務人員的業務指導。地位比收稅員還高。納稅人主要負責公司的稅務工作，非會計人員也可以。比如去全國購買發票，申報納稅等業務。
2.不同的要求:
財務負責人必須具備會計師資格，從事會計工作多年，經驗豐富，具有壹定的管理能力，參與公司重大事項和生產經營決策。壹般由總會計師或財務總監負責公司的財務管理、核算和監督。納稅人可以是會計，也可以是普通員工。只有持有收稅員證的人才能去稅務購買發票，辦理稅控機。無納稅人證書的人員不得辦理出口退稅業務。企業更換征稅員時，應及時通知主管其退稅業務的稅務機關註銷原征稅員證。
3、工作內容不同:
納稅人實名辦稅是指在納稅人身份明確的情況下，稅務機關受理納稅人的涉稅事項。納稅人是指法定代表人(負責人、業主)、財務負責人、征收人、稅務代理人及法定代表人(負責人、業主)授權的其他人員。財務負責人可以是納稅人，納稅人也可以是財務負責人或法定代表人。
法律依據:《中華人民共和國稅收征收管理暫行條例》第六條從事生產經營、實行獨立經濟核算、經工商行政管理部門批準開業的納稅人，應當自領取營業執照之日起30日內，向當地稅務機關申請辦理稅務登記。其他有納稅義務的單位和個人，除按照稅務機關的規定不需要辦理稅務登記的以外，應當自按照稅收法律、法規的規定成為法定納稅人之日起30日內，向當地稅務機關辦理稅務登記。