1、增值稅專用發票可以用於抵扣進項稅，而增值稅普通發票不可以；
2、增值稅專用發票需要購貨方詳細資料信息，普通發票則不需要；
3、增值稅專用發票使用沒有時間限制，普通發票使用期限是2個月；
4、只有增值稅壹般納稅人才能開具增值稅專用發票。如果公司是增值稅壹般納稅人且需要抵扣進項稅，開具專票更為合適；如果無需抵扣或不是壹般納稅人，開具普票則足夠。
公司報銷的流程：
1、提交報銷申請：員工需填寫報銷單，並附上相關費用的憑證；
2、審核報銷資料：財務部門對報銷單及憑證的真實性和合規性進行審核；
3、批準報銷金額：經理或主管審批報銷金額，確保費用的合理性；
4、執行報銷支付：財務部門根據審批結果進行報銷款項的支付。
綜上所述，公司選擇開具增值稅專用發票還是普通發票，應基於其作為增值稅壹般納稅人的身份以及是否需要抵扣進項稅的需求，專用發票適用於需要抵扣且信息完備的情況，而普通發票適合於無需抵扣或非壹般納稅人的情形，同時考慮到使用期限和信息要求的差異。
法律依據：
《中華人民***和國稅收征收管理法（2015修正）》
第二十二條
增值稅專用發票由國務院稅務主管部門指定的企業印制；其他發票，按照國務院稅務主管部門的規定，分別由省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制。
未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
《發票管理辦法》
第三條
本辦法所稱發票，是指在購銷商品，提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。
第二十條
銷售商品、提供服務以及從事其他經營活動的單位和個人，對外發生經營業務收取款項，收款方應向付款方開具發票；特殊情況下由付款方向收款方開具發票。
第二十壹條
所有單位和從事生產、經營活動的個人在購買商品、接受服務以及從事其他經營活動支付款項時，應當向收款方取得發票。取得發票時，不得要求變更品名和金額。
第二十二條
不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證，任何單位和個人有權拒收。
第二十三條
開具發票應當按照規定的時限、順序，逐欄、全部聯次壹次性如實開具，並加蓋單位財務印章或者發票專用章。
第三十條
開具發票的單位和個人應當按照稅務機關的規定存放和保管發票，不得擅自損毀。已開具的發票存根聯和發票登記簿，應當保存五年。保存期滿，報經稅務機關查驗後銷毀。
《增值稅專用發票使用規定》
第二條
壹般納稅人有下列情形之壹者，不得領購使用專用發票：
（壹）會計核算不健全，即不能按會計制度和稅務機關的要求準確核算增值稅的銷項稅額、進項稅額和應納稅額者。
（二）不能向稅務機關準確提供增值稅銷項稅額、進項稅額、應納稅額數據及其他有關增值稅稅務資料者。上述其他有關增值稅稅務資料的內容，由國家稅務總局直屬分局確定。
（三）有以下行為，經稅務機關責令限期改正而仍未改正者：
1.私自印制專用發票；
2.向個人或稅務機關以外的單位買取專用發票；
3.借用他人專用發票；
4.向他人提供專用發票；
5.未按本規定第五條的要求開具專用發票；
6.未按規定保管專用發票；
7.未按本規定第十六條的規定申報專用發票的購、用、存情況；
8.未按規定接受稅務機關檢查。
（四）銷售的貨物全部屬於免稅項目者。有上列情形的壹般納稅人如已領購使用專用發票，稅務機關應收繳其結存的專用發票。
第四條
專用發票由基本聯次或者基本聯次附加其他聯次構成，基本聯次為三聯：發票聯、抵扣聯和記賬聯。發票聯，作為購買方核算采購成本和增值稅進項稅額的記賬憑證；抵扣聯，作為購買方報送主管稅務機關認證和留存備查的憑證；記賬聯，作為銷售方核算銷售收入和增值稅銷項稅額的記賬憑證。其他聯次用途，由壹般納稅人自行確定。
第十壹條
專用發票應按下列要求開具：
（壹）項目齊全，與實際交易相符；
（二）字跡清楚，不得壓線、錯格；
（三）發票聯和抵扣聯加蓋發票專用章；
（四）按照增值稅納稅義務的發生時間開具。對不符合上列要求的專用發票，購買方有權拒收。
第十二條
壹般納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務可匯總開具專用發票。匯總開具專用發票的，同時使用防偽稅控系統開具《銷售貨物或者提供應稅勞務清單》（附件2），並加蓋財務專用章或者發票專用章。