1、通過“自然人電子稅務局”下載並安裝“自然人電子稅務局（扣繳端）”軟件，然後按照指引錄入單位信息、設置登錄密碼；
2、登錄進入“自然人電子稅務局（扣繳端）”；
3、點擊左側“人員信息采集”和“專項附加扣除信息采集”的選項並按照指引采集和填寫申報人員的基本信息以及配偶信息、子女教育、繼續教育等項目的相關資料；
4、點擊左側“綜合所得申報”的選項，然後在“正常工資薪金所得”界面中填寫申報人員的工資薪金數據和專項扣除、專項附加扣除等數據，最後確認申報項目的數據是否有誤；
5、按照指引確認系統自動生成的數據，點擊“發送申報”並向系統後臺提交個人所得稅的申報表；
6、提交申報後點擊左側“稅款繳納”的菜單並選擇“三方協議繳款”的選項，在確認稅款金額無誤後點擊“立即繳款”選項並完成稅費的繳納。
個人所得稅繳稅比例：
1、綜合所得全年應納稅所得額不超過36000元的，稅率為3%；
2、綜合所得全年應納稅所得額超過36000元至144000元的部分，稅率為10%；
3、綜合所得全年應納稅所得額超過144000元至300000元的部分，稅率為20%；
4、綜合所得全年應納稅所得額超過300000元至420000元的部分，稅率為25%；
5、綜合所得全年應納稅所得額超過420000元至660000元的部分，稅率為30%；
6、綜合所得全年應納稅所得額超過660000元至960000元的部分，稅率為35%；
7、綜合所得全年應納稅所得額超過960000元的部分，稅率為45%。
綜上所述，完成繳款後，公司可以點擊左側的“稅款繳納”菜單並點擊“歷史查詢”選項，然後通過該功能查詢已經繳納的稅款記錄。
法律依據：
《個人所得稅法》第十壹條
居民個人取得綜合所得，按年計算個人所得稅；有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次預扣預繳稅款；需要辦理匯算清繳的，應當在取得所得的次年三月壹日至六月三十日內辦理匯算清繳。預扣預繳辦法由國務院稅務主管部門制定。居民個人向扣繳義務人提供專項附加扣除信息的，扣繳義務人按月預扣預繳稅款時應當按照規定予以扣除，不得拒絕。非居民個人取得工資、薪金所得，勞務報酬所得，稿酬所得和特許權使用費所得，有扣繳義務人的，由扣繳義務人按月或者按次代扣代繳稅款，不辦理匯算清繳。