公司內部股權變更實際上就是股東之間相互轉讓股權，股東個人在公司內部變更股權是要繳納20%的個人所得稅的。自然人股權轉讓行為，轉讓方需要按財產轉讓所得計征個人所得稅。個人轉讓股權，以股權轉讓收入減去股權原值和合理費用後的余額為應納稅所得額。公司內部股權變更壹般是需要交稅的。公司內部股權變更實際上就是股東之間相互轉讓股權，股東個人在公司內部變更股權是要繳納20%的個人所得稅的。
公司股權的變更流程如下：
1、領取公司變更登記申請表，填寫後加蓋公章；
2、到工商局辦證大廳辦理變更營業執照；
3、攜帶公司營業執照副本復印件等資料，到質監局辦理變更組織機構代碼證；
4、到稅務局辦理變更稅務登記證；
5、攜帶銀行變更通知單，到公司基本戶的開戶銀行辦理變更銀行信息。
綜上所述，公司股東股權變更要繳稅，股權發生了實質上的轉移，而且轉讓方也相應獲取了報酬或免除了責任，因此都應當屬於股權轉讓行為，個人所得應按規定繳納個人所得稅。股權轉讓的效力與變更登記無關。股權轉讓按照公司章程和法律規定的程序進行，出於當事人的真實意思表示，且不違反法律規定即為有效。轉讓股權後，公司會註銷原股東的出資證明書，向新股東簽發出資證明書，並相應修改公司章程和股東名冊中有關股東及其出資額的記載。
法律依據：
《中華人民***和國個人所得稅法》第三條
個人所得稅的稅率：
（壹）綜合所得，適用百分之三至百分之四十五的超額累進稅率（稅率表附後）；
（二）經營所得，適用百分之五至百分之三十五的超額累進稅率（稅率表附後）；
（三）利息、股息、紅利所得，財產租賃所得，財產轉讓所得和偶然所得，適用比例稅率，稅率為百分之二十。