1.保險對象
公務員醫保主要針對公務員及其家屬，包括國家機關、事業單位、公立醫院、公立學校等公共部門的工作人員。職工醫療保險的對象是企業職工及其家屬，包括企業、事業單位、社會團體和其他組織的職工和退休人員。
2.保護範圍
公務員醫保和職工醫保的保障範圍也不壹樣。公務員醫療保險主要包括基本醫療保險、大病醫療保險和補充醫療保險，覆蓋面比較廣。職工醫保主要包括基本醫療保險和大病醫療保險，覆蓋面相對較窄。
3.支付標準
公務員醫保和職工醫保的繳費標準也不壹樣。公務員醫療保險的繳費標準由政府制定，壹般由單位和個人繳納。職工醫保的繳費標準是企業和個人共同繳費，繳費比例壹般是企業多，個人少。
4.報銷比例
公務員醫保和職工醫保的報銷比例也不壹樣。公務員醫保報銷比例普遍較高，壹般在80%以上，部分地區甚至可以達到100%。職工醫保報銷比例比較低，壹般在60%-80%之間。
總的來說，公務員醫保和職工醫保都是為保障人民群眾醫療保健權益而建立的醫療保險制度，但兩者在參保對象、保障範圍、繳費標準、報銷比例等方面存在壹定的差異。
法律依據:
中華人民共和國社會保險法
第二十三條職工應當參加職工基本醫療保險，用人單位和職工應當按照國家規定繳納基本醫療保險費。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員和其他靈活就業人員，可以參加職工基本醫療保險，個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第二十四條國家建立和完善新型農村合作醫療制度。
新型農村合作醫療管理辦法由國務院制定。
第二十五條國家建立和完善城鎮居民基本醫療保險制度。
城鎮居民基本醫療保險實行個人繳費和政府補貼相結合。
享受最低生活保障的人員、喪失勞動能力的殘疾人、低收入家庭中60周歲以上的老年人和未成年人等。，由政府補貼。
第二十六條職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。
第二十七條參加職工基本醫療保險的個人，達到法定退休年齡時，退休後不再繳納基本醫療保險費，按照國家規定享受基本醫療保險待遇；未達到國家規定年限的，可以繳費至國家規定的年限。
第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。
第二十九條參保人員的醫療費用應由基本醫療保險基金支付的，由社會保險經辦機構與醫療機構、藥品經營單位直接結算。
社會保險行政部門和衛生行政部門應當建立異地醫療費用結算制度，方便參保人員享受基本醫療保險待遇。
第三十條下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
(壹)應由工傷保險基金支付的；
(二)應當由第三方承擔的；
(三)應由公共衛生承擔的；
(4)出國就醫。
依法應當由第三方承擔的醫療費用。第三方無力支付或者無法確定第三方的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三方追償。
第三十壹條社會保險經辦機構可以根據管理服務的需要，與醫療機構、藥品經營單位簽訂服務協議，規範醫療服務行為。
醫療機構應當為參保人員提供合理、必要的醫療服務。
第三十二條個人跨統籌地區就業的，基本醫療保險關系隨本人轉移，繳費年限累計。