壹般納稅人取得自產自銷農產品免稅發票後，可按以下公式計算進項稅額抵扣:可抵扣進項稅額=農產品增值稅專用發票，不含稅×9%，深加工可抵扣1%。註:小規模納稅人銷售的農產品非自產。增值稅專用發票稅率為1%的，只能按照發票註明的稅率抵扣。如果開具普通發票，不能抵扣進項稅。
農民從農民手中購買的農產品不開具發票，但購買者為購買農產品向農民開具發票。(部分地區不提供此類發票)農民銷售自產農產品時，向稅務機關申請開具免稅普通發票。從農場、農業合作社購買自產農產品，取得農場、農業合作社組織開具的農產品銷售發票。註:根據增值稅暫行條例，農業生產者銷售自產農產品免征增值稅。所以農產品購銷發票上只有“進價”，不含稅。從壹般納稅人購買農產品時，可以依法取得增值稅專用發票。
如果企業經常從個體農業生產者處購買自己的農產品，可以向主管稅務局申請開具農副產品收購發票，在購買時自行開具。或者，妳可以向稅務局申請農業生產者開具的免稅銷售票據。企業開具的農副產品收購發票和稅務局開具的免稅農產品銷售發票可以作為抵扣進項稅的憑證。